El conocimiento de los patrones de diversidad y distribución de las aves colombianas ha incrementado notablemente en las últimas décadas. Sin embargo, aún existen vacíos de información para varias regiones del país. El municipio de San José del Guaviare está ubicado en la zona de transición entre las regiones de la Orinoquia y la Amazonia, con presencia de afloramientos del Escudo Guayanés, características que le atribuyen una avifauna diversa pero relativamente poco estudiada. Durante nueve expediciones ornitológicas a 18 sitios alrededor de San José, entre los años 2012 y 2016, registramos un total de 454 especies de aves. Al integrar los registros previos representados por especímenes de colecciones biológicas, el inventario total asciende a 472 especies, de las cuales 16 presentan una ampliación de su distribución geográfica conocida. A partir de la descripción de la dieta, el estrato de forrajeo y la masa corporal pudimos determinar que la avifauna tuvo una amplia representatividad de especies consumidoras de invertebrados de estrato medio y sotobosque. Además, determinamos las afinidades biogeográficas de la zona con otras doce localidades al oriente de los Andes. La avifauna de San José es propia del tránsito Amazonia-Orinoquia, con mayor afinidad amazónica, semejándose a Inírida y las Selvas de Matavén en primera instancia y luego a otras zonas amazónicas. Recolectamos 128 ejemplares de 77 especies, que con los registros previos resultan en 152 taxones identificados hasta subespecie (32,2% de la lista total), los cuales usamos para un análisis de afinidad biogeográfica complementario, sugiriendo de nuevo la existencia de mayor afinidad con la avifauna amazónica que orinoquense. Aún así, algunos registros de especies orinoquenses en los bosques húmedos pueden estar asociados a los acelerados procesos de rápida deforestación al norte del Guaviare que podrían facilitar futuros cambios en la comunidad.