Esse artigo apresenta o estudo de avaliação do comportamento hidrogeológico do Sistema Aquífero Embasamento Cristalino, no município de Bagé (RS) que é uma região que passa por períodos recorrentes de estiagem, afetando o abastecimento e a agricultura. Uma das soluções encontradas para sanar este problema é a perfuração de poços tubulares. No município de Bagé ocorre um sistema aquífero fraturado, onde a locação de poços produtivos se torna mais complexa e a compreensão dos fatores que condicionam o sistema e o fluxo da água subterrânea se torna muito importante. Para atingir este objetivo foi realizada uma análise dos dados hidrogeológicos de 174 poços tubulares, processamento dos dados aeromagnéticos e caminhamentos eletromagnéticos. Para realizar a avaliação estrutural da área, foram identificados lineamentos magnéticos por meio da utilização dos diversos filtros, métodos de realce nos dados aeromagnéticos, disponíveis para o software Oasis Montaj da Geosoft. Também foi realizado coleta de campo de dados eletromagnéticos, com o equipamento o EM34 modelo XL da Geonics com o objetivo de confirmar e validar os dados dos lineamentos aeromagnéticos interpretados, sendo realizados 8 perfis de caminhamento eletromagnético. Os resultados obtidos mostram que os aquíferos fraturados na região do município de Bagé se apresentam compartimentados, com diferentes produtividades e trends estruturais. As principais estruturas aquíferas ocorrem na direção NW, secundariamente para NE, e com uma acentuação de sua produtividade quando associado a cruzamentos de estruturas, tanto para NW como NE. A interpretação integrada dos dados aéreos e terrestres permitiu reconhecer o comportamento hidrogeológico e estrutural do Sistema Aquífero Embasamento Cristalino, onde os resultados, apresentados em mapas georreferenciados, apresentam as principais zonas e trends que estão associados a aquíferos fraturados.