Esta pesquisa parte da premissa de que é imprescindível a promoção de processos de domesticação de plantas que valorizem a diversidade biológica e cultural do planeta, pois está em curso um modelo de globalização hegemônica que vem causando prejuízos para a sociobiodiversidade em vários territórios. Nosso objetivo foi construir e usar, de forma participativa e com base nos princípios da agroecologia, indicadores para caracterização socioambiental de matrizes de espécies arbóreas frutíferas nativas do bioma Mata Atlântica. O método utilizou princípios da pesquisa-ação e o público foi formado por grupos de camponeses do Núcleo Luta Camponesa da Rede Ecovida de Agroecologia do estado do Paraná. Destaca-se como resultado a seleção de 42 matrizes de sete espécies de frutas nativas, bem como o apontamento que a agroecologia tem potencial para (re)construir processos de domesticação de plantas, de modo a valorizar a sociobiodiversidade, incluindo as frutas nativas.