Introducción: La baja variabilidad del ritmo cardíaco (VRC) se ha asociado con desbalances autonómicos y riesgo cardiovascular en diversas poblaciones. Objetivo: Relacionar la variabilidad del ritmo cardíaco e índices antropométricos en hombres universitarios jóvenes, físicamente activos con bajo riesgo cardiometabólico. Materiales y métodos: Estudio descriptivo transversal. Participaron 10 hombres de 23,15 ± 2,91 años con un índice de masa corporal (IMC) de 25,48 ± 2,19 kg/m2 y un índice Cintura-Cadera (IC-C) de 0,81±0,02. La VRC en reposo se midió en un período de 5 minutos. Se realizó un análisis correlacional entre el IMC e IC-C con la proporción baja/alta frecuencia (LF/HF), desviación estándar de la variación instantánea de intervalos RR (SD1) y complejidad de los intervalos RR (α-1). Además, se determinó el poder estadístico (1- β) y tamaño del efecto (“d” de Cohen). Resultados: El LF/HF sólo se relaciona significativamente con el IC-C (r=0,638; p=0,047; d=0,80), mientras que SD1 y α-1 no reportaron ninguna asociación con el IMC e IC-C. Conclusiones: Existe un predominio parasimpático que sugiere un mecanismo protector sobre el tejido adiposo intraabdominal relacionado al IC-C. Se requieren otros estudios que expliquen todas las variables moduladoras de la VRC.