La diarrea neonatal bovina (DNB) es una enfermedad que afecta a los neonatos en las producciones ganaderas. Su origen es multifactorial y genera grandes pérdidas económicas. El objetivo del trabajo fue determinar la prevalencia de agentes etiológicos a través de un estudio epidemiológico transversal mediante muestreo selectivo en animales susceptibles al síndrome DNB en el Valle del Cauca (Colombia). Para el estudio fueron seleccionadas ganaderías de sistemas de lechería intensiva y semiintensiva. En la fase inicial se realizó la caracterización de 25 ganaderías a través de una encuesta a los productores. Aleatoriamente De los encuestados se seleccionaron aleatoriamente ocho sistemas productivos; en cada uno se analizaron cinco terneros, los cuales fueron muestreados directamente del recto, con mano enguantada. En total se analizaron 40 terneros menores de tres meses de edad de las razas Gyr puro, Gyrolando, Jersey y mestizo. Se encontró que el 58 % de los animales no presentaban parásitos intestinales, se registró alta prevalencia de Cryptosporidium spp. en un 25 %, el 18% presentaba quistes de Giardia spp., entre otros, mientras que el 24% presentaba parásitos como Eimeria spp., Trichomonas y coccidias. Por otro lado, se empleó el software libre Win Episcope 2001 para obtener el n muestreal, tanto en sistemas como en animales, y el kit diagnóstico RainBow Calf Scours Bio K 306 para la detección de patógenos como rotavirus, coronavirus, Cryptosporidium, Escherichia coli y Clostridum perfringens. Se resalta que, en los agentes patógenos, aparecen con prevalencia significativa Giardia y Trichomonas, relevantes por su condición zoonótica. No se encontró evidencia ni de coronavirus ni de rotavirus.