Nazwa „epistemiczny układ odniesienia” została wprowadzona przez Kazimierza Jodkowskiego w 2004 roku i jest efektem jego uprzednich analiz sporu ewolucjonizmu z kreacjonizmem. Epistemiczne układy odniesienia to niewielkie, dwu- lub trzyelementowe zbiory najogólniejszych, historycznie zmiennych założeń, które określają konieczne warunki uprawiania nauki. Współcześnie, z dwoma, bazującymi na naturalizmie metodologicznym, epistemicznymi układami odniesienia, rywalizują epistemiczne układy odniesienia nadnaturalizmu i artyficjalizmu. Epistemiczny układ odniesienia naturalizmu antynadnaturalistycznego to nakaz przyjmowania jedynie naturalistycznych wyjaśnień dla faktów i procesów, któremu towarzyszy zakaz przyjmowania wyjaśnień antynaturalistycznych, pojmowanych jako zakaz powoływania się na przyczyny nadnaturalne. Epistemiczny układ odniesienia nadnaturalizmu to nakaz dopuszczania w wyjaśnianiu zjawisk przyrodniczych obok przyczyn naturalnych również wyjaśnień odwołujących się do przyczyn nadnaturalnych — interwencji bytu nadprzyrodzonego, czyli Boga. Epistemiczny układ odniesienia naturalizmu antyartyficjalistycznego to nakaz przyjmowania jedynie naturalistycznych wyjaśnień dla faktów i procesów, któremu towarzyszy zakaz przyjmowania wyjaśnień antynaturalistycznych, pojmowanych jako zakaz powoływania się na przyczyny sztuczne (inteligentne, celowe). Epistemiczny układ odniesienia artyficjalizmu to nakaz dopuszczania w badaniach naukowych obok przyczyn naturalnych również przyczyn sztucznych, inteligentnych.
