Reversal and Indel Distance With Intergenic Region Information

Alexandrino, Alexsandro Oliveira; Brito, Klairton Lima; Oliveira, André Rodrigues; Dias, Ulisses; Dias, Zanoni

doi:10.1109/tcbb.2022.3215615

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“…O Exemplo 2.5.1 mostra uma instância intergênica flexível balanceada sem sinais I = (((0 1 2 5 4 3 6), (5, 0, 3, 1, 6, 2)), ((0 1 2 3 4 5 6), (4, 3, 3, 2, 2, 1), (6,4,8,7,3,3))) que pertence ao cenário fonte. Note que a instância I possui quatro regiões intergênicas instáveis (ir i (I) = 4, com S i = {π 2 , π3 , π4 , π6 }) e duas regiões intergênicas estáveis (S e = {π 1 , π5 }).…”

Section: Regiões Intergênicas Flexíveisunclassified

“…Note que a instância I possui duas regiões intergênicas instáveis (ir i (I) = 2 e S i = {π 3 , π6 }) e quatro regiões intergênicas estáveis (S e = {π 1 , π2 , π4 , π5 }). No exemplo, temos duas regiões intergênica auxiliares (ir O Exemplo 2.5.3 mostra uma instância intergênica flexível balanceada sem sinais I = (((0 1 2 5 4 3 6), (5, 5, 3, 1, 2, 3)), ((0 1 2 3 4 5 6), (2, 4, 1, 5, 1, 4), (4,6,3,7,3,6))) que não pertence ao cenário fonte ou sorvedouro. Note que por esse motivo a instância não possui regiões intergênicas auxiliares, ou seja, ir a (I) = 0 e S a = ∅.…”

Section: Regiões Intergênicas Flexíveisunclassified

“…Considerando um contexto composto por eventos conservativos, um ciclo negativo após ser afetado por evento de rearranjo apresenta um potencial maior de gerar novos ciclos balanceados, uma vez que existe peso suficiente em suas arestas pretas para atender o peso exigido em cada uma de suas arestas cinzas. Dada O Exemplo 2.6.2 mostra o grafo de ciclos ponderado rígido construído a partir da instância intergênica rígida I = (((+0 +4 +3 −1 +2 +5 +6), (0, 6, 2, 5, 1, 3)), ((+0 +1 +2 +3 +4 +5 +6), (3,3,4,2,3,2))).…”

Section: Grafo De Ciclos Ponderado Rígidounclassified

“…. π n π n+1 ) O Exemplo 2.2.6 mostra uma transposição τ (1,3,5) sendo aplicada na representação clássica com sinais R = (π) = (+0 −4 −3 +1 +2 +5 +6) de um genoma, enquanto o Exemplo 2.2.7 mostra uma transposição τ (4,5,6) sendo aplicada na representação clássica sem sinais R = (π) = (0 3 2 1 5 4 6) de um genoma.…”

unclassified

“…= (+0 −4 −3 +1 +2 +5 +6) π • τ (1,3,5) = (+0 +1 +2 −4 −3 +5 +6) Exemplo 2.2.7. π = (0 3 2 1 5 4 6) π • τ (4,5,6) = (0 3 2 1 4 5 6)…”

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de Lima Brito

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A vida é um constante processo de aprendizado e esta tese representa o fim de uma etapa muito importante na minha vida. Inúmeras pessoas, direta ou indiretamente, fizeram parte dessa conquista. É impossível listar todas elas em uma única página, mas gostaria de deixar registrado algumas aqui.Agradeço aos membros da minha família, em especial aos meus pais, José Airton e Raimunda, por todo amor, incentivo e apoio que me deram. Sei que ambos não mediram esforços para que eu pudesse me dedicar inteiramente aos estudos.À Camila, minha companheira que, definitivamente, sem ela não teria sido possível chegar até aqui. Não tenho como agradecer todo o carinho e companheirismo. Somos bem diferentes, mas você me entende, me aceita, me complementa e me faz muito feliz. Obrigado por estar todo esse tempo ao meu lado, me ajudando e apoiando.Ao meu orientador Zanoni Dias, pela dedicação, tempo e apoio que me fizeram crescer tanto profissionalmente como pessoalmente. Não tenho palavras para agradecer a confiança depositada em mim desde que aceitou me orientar no mestrado. Ao meu coorientador Ulisses Dias, que assumiu esse papel durante o mestrado, mesmo que não oficialmente. Obrigado aos dois pelas dicas e amizade.Como se não fosse suficiente o orientador e coorientador, ainda tive a felicidade de fazer parte de um grupo de pesquisa que dispensa comentários. As pessoas desse grupo são: André, Alexsandro e Gabriel. Obrigado pelas ajudas e conversas que tivemos e, mais que isso, obrigado pela amizade.Durante o doutorado tive a grande oportunidade de viver durante um ano, em Nantes, na França, colaborando com os professores Guillaume Fertin e Géraldine Jean. Deixo aqui o meu muito obrigado pela dedicação.Aos membros do Laboratório de Otimização e Combinatória (LOCo), pelas conversas, dicas e pelo ambiente acolhedor. Gostaria de agradecer também a todos do Instituto de Computação da Unicamp.O meu muito obrigado àqueles que direta ou indiretamente fizeram parte dessa conquista.Por fim, mas não menos importante, gostaria de deixar meu agradecimento ao ser peludo apelidado de Paco(lino), por todas as lambidas que fizeram meus dias bem mais alegres.Esta tese foi realizada com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior -Brasil (CAPES) -Código de Financiamento 001, do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico -(CNPq) -Processo 140272/2020-8, e do acordo CAPES/COFECUB -Projeto 831/15 -Processo 88887.185411/2018-00.

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“…= (+0 −4 −3 +1 +2 +5 +6) π • τ (1,3,5) = (+0 +1 +2 −4 −3 +5 +6) Exemplo 2.2.7. π = (0 3 2 1 5 4 6) π • τ (4,5,6) = (0 3 2 1 4 5 6)…”

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de Lima Brito

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Reversal and Transposition Distance on Unbalanced Genomes Using Intergenic Information

Alexandrino

Oliveira

Jean

et al. 2023

Journal of Computational Biology

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Rearrangement Distance Problems: An updated survey

Oliveira,

Brito,

Alexandrino

et al. 2024

ACM Comput. Surv.

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One of the challenges in the Comparative Genomics field is to infer how close two organisms are based on the similarities and differences between their genetic materials. Recent advances in DNA sequencing have made complete genomes increasingly available. That said, several new algorithms trying to infer the distance between two organisms based on genome rearrangements have been proposed in the literature. However, given the diversity of approaches, the diversity of genome rearrangement events, or even how each work models the genomes and what assumptions are made by each of them, finding the ideal algorithm for each situation or simply knowing the range of applicable approaches can be challenging. In this work, we review these approaches having the algorithmic and combinatorial advances since 2010 as our main focus. This survey aims to organize the recently published papers using a concise notation and to indicate the gaps filled by each of them in the literature. This makes it easier to understand what still needs to be done and what has room for enhancement.

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Reversal and Indel Distance With Intergenic Region Information

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