Objetivo Comprender las percepciones que tienen médicos y pacientes sobre sus relaciones y cómo las condiciones actuales del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS) influyen en su relacionamiento.Materiales y Métodos La recolección y análisis de información se basó en el principio de saturación que propone la investigación cualitativa, mediante entrevistas semiestructuradas aplicadas a 17 pacientes y 15 médicos durante el ejercicio de sus roles, en el ambiente de la espera y la consulta en cinco IPS seleccionadas. Las entrevistas fueron grabadas, trascritas y analizadas bajo los preceptos de la Teoría Fundamentada de Corbin y Strauss. El diseño muestral fue teórico por conveniencia.Resultados Las condiciones del SGSSS sobre el hacer del médico, el abuso del derecho por parte de algunos pacientes y la percepción de calidad desigual entre Entidades Administradores de Planes de Beneficios (EAPB), así como las fallas de comunicación en las Relaciones Médico-Paciente (RMP), el desprestigio de los médicos generales, la percepción de incredulidad hacia médicos jóvenes, entre otras percepciones identificadas dejan entrever que los cambios en el SGSSS contribuyen en la construcción de las RMP actuales.Conclusiones Es fundamental que los actores del SGSSS propongan intervenciones que refuercen en los médicos capacidades comunicativas y psicosociales desde sus procesos de formación profesional, además de la disposición del SGSSS para proveer condiciones que permitan al médico desarrollar una atención en salud centrada en el paciente.