Penyakit pustul bakteri yang disebabkan oleh Xanthomonas aonopodis pv. Glycines (Xag) merupakan penyakit penting pada kedelai. Kami menggunakan 11 isolat bakteri filosfer JB 4, JB5, JB6, JB7, JB12, JB1, ST31, ST32, ST4, LB2 dan LB3 sebagai agen hayati karena mempunyai "niche" yang sama dengan pathogen, untuk mengetahui kemampuannya dalam mengendalikan Xag dan memacu pertumbuhan tanaman kedelai. Hasil in vitro menunjukkan bahwa inokulasi Xag pada benih kedelai akan menurunkan daya kecambah kedelai. Seed treatment dengan menggunakan bakteri filosfer mampu meningkatkan perkecambahan kedelai yang terinfeksi Xag. Isolat JB 5 dan JB 7 merupakan isolate terbaik dengan daya kecambah yang sama 95% dengan efektivitas ± 35.71% dibandingkan kontrol. Sedangkan isolat JB13 terbaik dalam meningkatkan panjang radikula yaitu 3,13 cm dengan efektivitas 104,58%. Isolat JB7, JB12, JB13 dan ST32 mempunyai kemampuan yang sama dalam mengendalikan penyakit pustule kedelai di rumah kaca dengan keparahan penyakit berkisar ±21,37 dan efektivitas ± 66.41%. Isolat JB 12 dan JB13 menunjukkan kemampuan yang terbaik dalam meningkatkan tinggi tanaman yaitu ± 95.58 cm, jumlah cabang ± 5.53dan jumlah daun ± 29.89. Isolate JB12, JB13 dan ST32, diikuti JB5 dan JB7 berpotensi sebagai agen hayati untuk mengendalikan penyakit pustul dan meningkatkan pertumbuhan kedelai.