The influence of habitat, biomass of herbaceous vegetation, depth and distance from permanent water bodies on the structure of fish assemblages of a seasonal floodplain was evaluated using data collected along 22 transects in an area of 25 km 2 in the floodplain of Cuiabá River, Pantanal, Brazil. Each transect was sampled for fish using throw traps and gillnets during the flood period of 2006. Multivariate multiple regression analysis and multivariate analysis of covariance indicated that depth was the only variable that affected the structure of the fish assemblage, both for quantitative data (abundance) and qualitative data (presence-absence). Species such as Neofundulus parvipinnis and Laetacara dorsigera were more abundant in shallower sites (below 25 cm), while Serrasalmus maculatus and Metynnis mola were found mostly in the deepest areas (over 55 cm). However, species such as Hoplias malabaricus and Hoplerythrinus unitaeniatus occurred at all sampled depths. Although the distribution of most species was restricted to a few sites, there was a positive relationship between species richness and depth of the water body. Surprisingly, the replacement of native vegetation by exotic pasture did not affect the fish assemblage in the area, at the probability level considered.A influência do habitat, biomassa de vegetação herbácea, da profundidade e da distância de corpos d'água permanentes sobre a estrutura da assembleia de peixes da planície sazonalmente inundada foi avaliada com dados coletados em 22 transectos em uma área de 25 km² na planície de inundação do rio Cuiabá, Pantanal. Cada transecto foi amostrado para peixes usando "throw trap" e rede de espera no período de cheia de 2006. Análises de regressão múltipla multivariada e análises de covariância multivariada indicaram que a profundidade foi a única das variáveis consideradas no estudo que afetou a estrutura da assembleia de peixes, tanto para os dados quantitativos (abundância) quanto para os dados qualitativos (presença-ausência). Espécies como Neofundulus parvipinnis e Laetacara dorsigera foram mais abundantes em locais mais rasos (abaixo de 25 cm), enquanto as espécies Serrasalmus maculatus e Metynnis mola foram encontradas principalmente nos locais mais profundos (acima de 55 cm). Entretanto espécies como Hoplias malabaricus e Hoplerythrinus unitaeniatus ocorreram em todas as profundidades amostradas. Apesar de grande parte das espécies apresentarem distribuição restrita a poucos locais, houve uma relação positiva entre a riqueza de espécies e a profundidade do corpo d'água. Surpreendentemente, no nível de probabilidade considerado, a substituição da vegetação nativa por pastagens exóticas não afetou a assembleia de peixes na área estudada.