En el presente trabajo, se registra por primera vez floraciones algales nocivas del dinoflagelado Blixaea quinquecornis (Abé) Gottschling, 2017 para aguas costeras del mar peruano. La determinación taxonómica de esta especie se realizó mediante microscopia de luz, electrónica de barrido y contraste interferencial diferencial (DIC). La fórmula tecal encontrada fue: pp, 3’, 2a, 7’’,5c, 5”’ y 2’’’ 4s. Blixaea quinquecornis fue registrada en las bahías Sechura, Miraflores y Paracas entre el 2014 y 2017, usualmente con altas densidades de 3.2 x105 cel.L-1 (Miraflores) y 2.11x105 cel.L-1 (Paracas) en verano y 4.11 x104 (Paracas) en otoño 2016. Blixaea quinquecornis estuvo alternando con floraciones algales del dinoflagelado atecado Akashiwo sanguinea. El florecimiento de B. quinquecornis se observó con TSM entre 18.5 a 26.6 °C, salinidades entre 34.70 y 35.32 ups, pH entre 7.32 y 8.82 y oxígeno disuelto entre 3.8 y 12.5 mL/L. En Bahía Miraflores, la floración de B. quinquecornis fue asociado positivamente con el incremento de la TSM, salinidad y negativamente con la concentración de nitratos, mientras que las floraciones algales de A. sanguinea se correlacionó positivamente con la concentración de fosfatos y oxígeno disuelto. El registro de la floración de B. quinquecornis en las bahías de Miraflores y Paracas, coincidió con eventos de inusual calentamiento del mar asociado con el evento cálido El Niño 2015-2016