A secagem da madeira utilizando micro-ondas é recente no Brasil e, por isso, mais pesquisas devem ser exploradas no sentido de melhor conhecimento e divulgação desta tecnologia. O objetivo do trabalho foi comparar a secagem da madeira de Hovenia dulcis e Eucalyptus tereticornis em forno micro-ondas com diferentes potências de temperatura. Amostras foram submetidas a secagem em micro-ondas com 50% e 100% da potência de temperatura. Avaliou-se o teor de umidade, a taxa de secagem e o gradiente de umidade. Observou-se que Hovenia dulcis, mesmo apresentando maior umidade inicial conseguiu atingir o teor de umidade final em menor tempo. A taxa de secagem para esta espécie também apontou melhores resultados, indicando que a água flui rapidamente, mesmo com a madeira apresentando mais que o dobro de umidade em relação à Eucalyptus tereticornis. Os gradientes de umidades para Eucalyptus tereticornis manifestaram valores negativos, indicando que a parte interna das peças estavam mais secas que a parte externa, refletindo uma das principais características da secagem por micro-ondas, que é o aquecimento de dentro para fora, gerando calor diretamente no centro da madeira. Por fim, em ambas as potências de temperaturas, observou-se que a madeira de Eucalyptus tereticornis apresentou maior dificuldade de secagem em comparação a Hovenia dulcis, assinalando a dificuldade na secagem de eucaliptos.