Delignifikasi dan depolimerisasi merupakan hal besar dalam proses cooking. Penelitian ini menggunakan kayu Eucalytus dan akasia mangium dengan variasi alkali aktif charge 16% sampai 20% dan 1%. Alkali aktif charge mempengaruhi derajat delignifikasi dan derajat polimerisasi. Setiap kenaikan 1% muatan AA dapat meningkatkan derajat delignifikasi pada kayu Eucalyptus dan akasia mangium masing-masing sebesar 0,40% dan 0,84%. Setiap kenaikan 1% AA dapat menurunkan DP pada eucalyptus dan akasia mangium masing-masing sebesar 3,32% dan 7,04%. Penurunan residual lignin pada eucalyptus dn acacia mangium masing masing sebesar 0,4% dan 0,7% akan dikiuti dengan peningkatan derajat delignifikasi masing masing sebesar 1,9% dan 3,0%. Korelasi antara derajat delignifikasi dan polimerisasi pada kayu eucalyptus dan akasia mangium berturut-turut adalah y(e) = -119,74x + 12135 dan y(a) = - 149,63x + 14716.