Solvent Mediated Interactions in the Structure of the Nucleosome Core Particle at 1.9Å Resolution

Structural evidence for Nap1‐dependent H2A–H2B deposition and nucleosome assembly

“…The structure of the yNap1c 2 –H2A–H2B complex was determined by molecular replacement using Phaser (McCoy et al , 2007). The search model was 2Z2R for yNap1 (Park et al , 2008), and models for Xenopus laevis H2A–H2B were used from the nucleosome structure 1KX4 (Davey et al , 2002). After a unique solution was identified for yNap1, a subsequent search with H2A–H2B resulted in one solution containing yNap1 bound to H2A–H2B.…”

A metastable structure for the compact 30‐nm chromatin fibre

“…In other words, because of the molecular twofold symmetry of the core particle each octamer presents reverse surface contours relative to the two adjacent neighbours. This configuration brings two opposing H2A–H2B dimers of adjacent nucleosomes closer at one interface and further apart at the other, while the reverse is true for the distance between the H4 tail and the acidic patch on the adjacent nucleosome 24. Put simply, two H2A–H2B dimers meet at one interface, while the H4 tail contacts the acidic patch at the other.…”

Structure et dynamique de la particule cœur de nucléosome

“…L'obtention de cette structure a nécessité l'utilisation d'ADN et d'histones recombinants afin d'obtenir des particules parfaitement identiques et par conséquent facilitant l'obtention de cristaux diffractants à plus haute réso-lution. La Figure 3A Plus récemment, l'utilisation d'un ADN de 147 pb a permis d'augmenter la résolution à 1,9 Å ( [11], fichier pdb 1KX5). Cette paire de bases supplémentaire permet de mieux symétriser la particule, l'axe binaire traversant la paire de base centrale et séparant l'ADN nucléoso-mal en deux moitiés de 73 pb chacune.…”

“…(Figure 3A), seulement 30 % des acides aminés des « queues » sont positionnés. Dans la structure à 1,9 Å de résolution [11] (Figure 3B), les acides aminés des « queues » sont tous positionnés. Néanmoins, pour les acides aminés les plus terminaux, les facteurs de température (« facteurs B »), indicateurs de désordre n'y sont pas précisés et sont donc certainement élevés.…”