Melonjaknya tingkat konsumsi masyarakat dan penurunan luasan lahan budidaya mengharuskan petani untuk berinovasi. Salah satu upaya peningkatan produksi pangan sehat adalah memanfaatkan padi fungsional dengan metode budidaya soilless. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji perbandingan air dan sekam yang terbaik dalam budidaya soilless pada dua varietas padi fungsional. Penelitian ini menggunakan rancangan acak lengkap faktorial (RALF) dengan 2 faktor dan 3 ulangan. Faktor pertama yaitu media soilless air dan sekam dengan perbandingan 6:1, 8:1, 10:1, 12:1, dan 14:1, sedangkan faktor kedua yaitu varietas Watu dodol A3 dan Merah A2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa media soilless air dan sekam 8:1 memberikan performa tertinggi pada jumlah gabah permalai (231,50 bulir) dan jumlah gabah bernas permalai (205,67 bulir). Selain itu terdapat perbedaan yang signifikan pada tinggi tanaman, anakan produktif, dan panjang malai antara Watu dodol A3 dengan Merah A2.