O presente artigo propõe um estudo, a partir de uma perspectiva longitudinal, sob os Efeitos do Modelo de Alocação e Distribuição Orçamentária no Desempenho das universidades. Essa análise se deu sob o prisma da Teoria da Agência, discutindo os principais pressupostos presentes na gestão pública a partir da presença da governança e da discricionaridade em alocar os recursos. Parte-se de uma amostra de 54 universidades, entre 2008 e 2018, a partir de 27 variáveis, sendo analisadas 594 observações, utilizando-se da análise fatorial e análise envoltória de dados para aferir os efeitos. Verificou-se que resultados são afetados pelas estratégias pela discricionaridade de cada gestor na alocação do orçamento, evidenciando maior efeito dos gastos com pesquisa nos indicadores de qualidade. O estudo proporciona ao gestor universitário identificar as variáveis que geram maior impacto no desempenho a partir da alocação do orçamento, potencializando ou mitigando assim seus efeitos no gerenciamento dos recursos públicos.