A avicultura de frango tipo caipira difundiu-se de forma ampla em todo país. Apesar das características de rusticidade, essas aves são suscetíveis a doenças graves como as salmoneloses e a coccidiose aviária. Objetivou-se pesquisar os agentes infecciosos dessas doenças em frangos caipiras destinados a alimentação escolar no município de São Luís, MA. Procedeu-se o exame clínico de 198 aves, que consistiu na observação da aparência da plumagem, bico, cristas, região da cloaca e condição corporal. As amostras foram analisadas para pesquisa de Salmonella spp. seguindo a metodologia do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. Das 99 amostras de cloaca (pool de duas aves), coletadas para pesquisa de Salmonella spp., 10 (10,1%) amostras foram suspeitas para a bactéria nas provas bioquímicas, porém todas foram negativas (0%) por sorotipificação antigênica. Na pesquisa e contagem de oocistos de Eimeria spp. foi utilizado o método de centrífugo–flutuação em solução de sacarose. Na contagem de oocistos de Eimeria spp., das 124 amostras coletadas de intestino durante a evisceração, 92 (74,19%) amostras apresentaram oocistos do parasita, com contagens variando de 100 a 18.800 oocistos. Os resultados foram considerados esperados visto que em sistema de criação de frangos caipiras, onde não se utiliza drogas cocciostáticas, a prevalência de Eimeria spp. é frequentemente elevada. Portanto, pode-se concluir que os frangos de corte tipo caipira destinados ao abatedouro no município de São Luís não apresentaram isolamento para Salmonella spp., porém tiveram alta ocorrência de infecção por oocisto de Eimeria spp.