A maioria das infecções por HPV são eliminadas pelo organismo. Em alguns casos, a infecção persistente pode levar as células infectadas à imortalização, instabilidade genômica, inibição de resposta ao dano no DNA e fuga da apoptose. Os subgenótipos 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58 e 59 também estão associados ao câncer, principalmente ao cervical. Há disponível três vacinas contra a infecção pelo HPV e na prevenção de doenças a ele relacionadas. A vacina bivalente atua contra os genótipos 16 e 18 do HPV. A vacina quadrivalente tem como alvo os genótipos 6, 11, 16 e 18. A vacina nonavalente inclui os genótipos 6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52 e 58. Com isso. a vacina nonavalente protege contra subtipos que estão representados entre os mais prevalentes em algumas áreas brasileiras, os quais não estavam presentes na quadrivalente, tornando-se uma nova ferramenta para controle de infecções persistentes por subtipos de alto risco oncogênico e, diminuir o número de casos de câncer cervical e outras patologias relacionadas ao HPV.