Las cianobacterias comprenden un grupo de microorganismos del dominio Bacteria (Woese et al. 1990) poco estudiado en Costa Rica. Los escasos trabajos realizados abordan temáticas relacionadas con la ocurrencia de cianobacterias en plantas de tratamiento y la evaluación de su potencial como indicadoras de contaminación o la producción de toxinas. En la presente investigación se analizó la diversidad y distribución de cianobacterias bentónicas marinas en diferentes puntos del Caribe central y sur de Costa Rica. Los resultados obtenidos muestran una ocurrencia de 17 géneros taxonómicos, 4 de ellos pertenecen a Chroococcales (24%), 2 Nostocales (12%) y 11 Oscillatoriales (64%). Las poblaciones de cianobacterias se mantienen relativamente constantes a lo largo de los meses de escasa precipitación cuando las aguas se mantienen calmas y claras, mientras que en la estación lluviosa o cuando se presenta gran cantidad de sedimentos suspendidos y fuertes oleajes las poblaciones disminuyen en forma notable. Los géneros Lyngbya, Phormidium, Oscillatoria, Spirulina y Leptolyngbya se encuentran distribuidos en prácticamente todas las zonas muestreadas, sin embargo, el género Lyngbya alcanza poblaciones muy importantes en los puntos de muestreo del Caribe central, en especial en Isla Uvita, donde es posible localizar un gran número de colonias de Lyngbya majuscula y Lyngbya confervoides, especies que están relacionadas con ambientes alterados por el ser humano. Abstract Cyanobacteria constitute a group of microorganisms belonging to the Bacteria domain (Woese et al. 1990). Little has been studied about it in Costa Rica and those studies have addressed issues related to the occurrence of cyanobacteria in water treatment plants and the assessment of their potential as toxin production or pollution indicators. In the present paper the occurrence of benthic marine algae is examined in different parts of the central and southern Caribbean of Costa Rica. The results show an occurrence of 17 genera distributed among 4 Chroococcales (24%), 2 Nostocales (12%), and 11 Oscillatoriales (64%). Cyanobacteria populations remain relatively constant throughout the months of limited rainfall when the waters remain calm and clear, while in the rainy season or when there is a large amount of suspended sediments and heavy swells populations decline significantly. The genera Lyngbya, Phormidium, Oscillatoria, Spirulina and Leptolyngbya are distributed in virtually all areas sampled; however the genus Lyngbya reaches important populations in the sampling points of the central Caribbean, especially near Uvita Island where they can be found in large numbers of colonies Lyngbya majuscula and Lyngbya confervoides, species that are related to environments altered by human activity.