Objective: To reflect on the qualification process of the professionals of the School Health Program through the Complexity Theory. Method: Edgar Morin's theoretical framework was used to defend the need to overcome the reductionist, disjunctive and limiting view of thought through the integration of knowledge. The recursive, dialogic and hologramatic principles and the concepts of order and disorder supported this process. Results: It was understood that the products and effects are included in the same process and if they are retroactive. The interaction and dialogue between the different professionals through the union of different ideas are necessary and become inseparable for the complexity of the capacities, when not only the parts are in the whole, but the whole is also identified in the parts. Conclusion and implications for the practice: It is necessary to integrate health and education professionals in the training of the School Health Program when considering their needs in the work processes, when counting on the contribution of the knowledge of other disciplines and sectors, as well as when sharing attributions in the execution of the activities proposed by the School Health Program. Objetivo: Refletir sobre o processo de capacitação dos profissionais do Programa Saúde na Escola mediante a Teoria da Complexidade. Método: Utilizou-se o referencial teórico de Edgar Morin que defende a necessidade de sobrepor a visão reducionista, disjuntiva e limitadora do pensamento mediante a integração de saberes. Os princípios recursivo, dialógico e hologramático e os conceitos de ordem e desordem subsidiaram esse processo. Resultados: Compreendeu-se que os produtos e os efeitos estão incluídos em um mesmo processo e se retroagem. A interação e o diálogo entre os diferentes profissionais mediante a união de ideias distintas são necessárias e torna-se indissociável para a complexidade das capacitações, quando não apenas as partes encontram-se no todo, mas o todo é também identificado nas partes. Conclusão e implicações para a prática: É necessário integrar profissionais de saúde e educação nas capacitações do Programa Saúde na Escola ao considerar suas necessidades nos processos de trabalho, contar com a contribuição dos saberes de outras disciplinas e setores, bem como compartilhar atribuições na execução das atividades propostas pelo Programa Saúde na Escola. Palavras-chave: Filosofia em Enfermagem; Serviços de Saúde Escolar; Capacitação Profissional; Colaboração Intersetorial.resumen Objetivo: Reflexionar sobre el proceso de capacitación de los profesionales del Programa Salud en la Escuela conforme la Teoría de la Complejidad. Método: Se utilizó el referencial teórico de Edgar Morin que defiende la necesidad de sobreponerse a la visión reduccionista, disyuntiva y limitadora del pensamiento mediante la integración de saberes. Los principios recursivo, dialógico y hologramático y los conceptos de orden y desorden subsidiaron este proceso. Resultados: Se comprendió que los productos y los efectos están incluidos en...