A malformação congênita envolve alterações durante a formação do feto, tanto em um órgão ou sistema, no qual determina uma anomalia morfológica estrutural ou funcional. Objetivou-se caracterizar as principais malformações que acometem recém-nascidos em Dourados, Mato Grosso do Sul e Brasil. Posteriormente, comparar entre os casos levantados, principalmente em relação a incidência, localização, tipo de malformação, idade e escolaridade das mães. Tratou-se de um estudo epidemiológico transversal, quantitativo e descritivo. As fontes de dados foram a partir da Declaração de Nascidos Vivos nas esferas municipal, estadual e nacional no período de 2008 a 2016, através do Sistema de Informação sobre Nascidos Vivos, disponível no site do Departamento de Informática do Sistema Único de Saúde. O número de casos de malformações notificados em Dourados teve um aumento ao longo dos anos totalizando 340, a nível estadual 2.251 e no âmbito nacional 202.410. As malformações predominantes foram aparelho osteomuscular, pé torto congênito, sistema nervoso e fenda labial e palatina. Um comparativo realizado entre os níveis estadual e nacional, observa-se que os casos levantados de MC são análogos. No estado de Mato Grosso do Sul, houve um aumento nos casos notificados, apesar de as causas ainda não serem totalmente conhecidas devido a sua etiologia multifatorial. A média de notificações no estado de Mato Grosso do Sul está acima da nacional. As malformações estão aumentando e para que haja uma redução é necessário realizar educação em saúde com mulheres, principalmente as que estão em período fértil.