Testing the Effects of Barriers on the Genetic Connectivity in<i>Podocnemis erythrocephala</i>(Red-Headed Amazon River Turtle): Implications for Management and Conservation

Santos, Rafaela Cardoso dos; Viana, Maria das Neves Silva; Monjeló, Luiz Alberto dos Santos; Andrade, Paulo Cesar Machado; Lima, Jackson Pantoja; Oliveira, Paulo Henrique Guimarães de; Vogt, Richard C.; Pezzuti, Juarez Carlos Brito; Sites, Jack W.; Hrbek, Tomas; Farias, Izeni Pires

doi:10.2744/ccb-1184.1

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“…104. Podocnemis erythrocephala: Santos et al (2016) examined variation in a single mitochondrial gene across the range of Podocnemis erythrocephala. They identified considerable genetic structure among populations, with four distinct genotypes that they deemed "management units," but made no taxonomic recommendations.…”

Section: Date Of Publication Of Blyth 1854 ["1853"]mentioning

confidence: 99%

Turtles of the World: Annotated Checklist and Atlas of Taxonomy, Synonymy, Distribution, and Conservation Status (8th Ed.)

Rhodin¹,

Iverson²,

Bour³

et al. 2017

202

207

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Section: Date Of Publication Of Blyth 1854 ["1853"]mentioning

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Rhodin¹,

Iverson²,

Bour³

et al. 2017

202

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“…Ao serem testados os primers utilizados em outros trabalhos (PRO e 12SR5) com as condições de PCR baseadas em trabalhos com DNA extraído de tecido sanguíneo (Piñeda-Catalán et al, 2012;Vargas-Ramirez, 2012;Agostini, 2016;Santos et al, 2016;Viana et al, 2017;Michels & Vargas-Ramirez, 2018), as amostras não foram amplificadas com variações das concentrações dos reagentes nem das condições de ciclagem e, com isso, testaram-se os dois pares de primers com o kit "Qiagen Master Mix" de PCR, e as amostras amplificaram somente com os primers CR-F e CR-R, evidenciando a eficiência dos marcadores desenvolvidos no presente trabalho. Sendo assim, houve sucesso no sequenciamento de 69 amostras com 519 pares de bases (pb) cada, que foram comparadas com os 492 pb das 294 sequências do GenBank de 22 localidades na bacia amazônica (Tabela 1S), totalizando 25 localidades e 363 indivíduos amostrados.…”

Section: Resultsunclassified

“…A região controle do DNA mitocondrial (mtDNA), a qual é responsável por toda a regulação e transcrição mitocondrial, possui altas taxas de mutação e é bastante utilizada em estudos intraespecíficos de vários grupos biológicos (Stewart & Barker, 1994;Starkey et al, 2003), inclusive em estudos genéticopopulacionais de quelônios, principalmente com o gênero Podocnemis: P. expansa (Pearse et al, 2006;Piñeda-Catalán et al, 2012), P. unifilis (Piñeda-Catalán et al, 2012;Agostini, 2016), P. erythrocephala (Santos et al, 2016;Oliveira et al, 2019), P. sextuberculata (Viana et al, 2017;Oliveira et al, 2019) e P. lewyana (Vargas-Ramirez, 2012). Esta porção do mtDNA de P. expansa contém uma repetição de minissatélites com um microssatélite inserido de tamanho variável (Pearse et al, 2006), a qual dificulta a amplificação e o sequenciamento do DNA.…”

Section: áRea De Estudounclassified

“…O DNA total das amostras foi extraído utilizando o "DNeasy Blood & Tissue Kit" da Qiagen seguindo as recomendações do fabricante; foram quantificadas através de espectrofotometria, e qualificadas em eletroforese em gel de agarose 1% corado com brometo de etídeo. As amostras de DNA total amplificadas por PCR (Innis et al, 1990) foram testadas com dois pares de primers de fragmentos da alça D-Loop da Região Controle do DNA mitocondrial (mtDNA), utilizada em diversos trabalhos do gênero Podocnemis (Pearse et al, 2006;Vargas-Ramirez, 2012;Piñeda-Catalán et al, 2012;Agostini, 2016;Santos et al, 2016;Viana et al, 2017;Oliveira et al, 2019).…”

Section: Coleta Do Materials Biológicounclassified

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Marcador de DNA Mitocondrial para Estudos Genético-Populacionais de Tartaruga-da-amazônia (Podocnemis expansa Schweigger, 1812)

Agostini¹,

Rocha²,

Balestra

et al. 2022

BioBrasil

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Os quelônios são animais de vida longa e poucos dos seus indivíduos chegam à fase adulta. Além da baixa taxa natural de recrutamento, diversas ações antrópicas vêm dificultando a manutenção das populações desse grupo. A exploração desordenada para abastecer o comércio ilegal vem se mostrando a mais danosa, principalmente em Podocnemis expansa, por ser uma espécie bastante apreciada na culinária amazônica, e muito vulnerável no período reprodutivo, época de maior captura. Seu histórico de exploração causou desequilíbrio populacional em diversas localidades na Amazônia, como pôde ser verificado durante as quase três décadas de monitoramento em importantes sítios de desova em unidades de conservação do rio Araguaia. O presente estudo desenvolveu marcadores moleculares com o objetivo de testá-los e compará-los com primers já utilizados, além de avaliar a diversidade genética e a estruturação populacional de P. expansa na bacia Tocantins-Araguaia. Para isso, foi coletado tecido cutâneo de 120 espécimes amostrados em três localidades no médio e submédio rio Araguaia, comparados com sequências do DNA mitocondrial de 22 localidades. A região controle do DNA mitocondrial de P. expansa é de difícil amplificação, sendo que o par de primers de outros estudos não amplificou com o material biológico utilizado neste trabalho, mostrando a eficiência do marcador molecular confeccionado. A utilização desses primers facilitará a amostragem em campo, pois, apesar de o tecido cutâneo conferir menor quantidade de DNA extraído quando comparado ao tecido sanguíneo, sua coleta como material biológico pode ser aplicada de forma mais simples, ampla e frequente em projetos de pesquisa e programas de monitoramento e manejo de quelônios, facilitando as pesquisas genéticas com esses animais. Quanto à avaliação genética, foi caracterizada panmixia na bacia Tocantins-Araguaia e baixa diversidade genética, concordando com dados da espécie. Caso as estratégias de conservação não sejam eficientes para reverterem um provável processo de deriva genética, poderão ocorrer prejuízos populacionais significativos, notadamente quanto às questões adaptativas da espécie.

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“…The most important geographical features along the upper Madeira River were the Teotônio and Jirau falls, which represented natural limits for frogs (Simões et al 2008;2010), alligators (Hrbek et al 2008), and acted as an environmental filter for several fish species (Torrente-Vilara et al 2011). Also, Teotônio and Jirau falls were considered to have driven allopatric speciation for frogs (Simões et al 2010), population structure for turtles (Santos et al 2016) and sardines (Queiroz et al 2017), and hybrid zones for frogs (Simões et al 2012) and dolphins (Gravena et al 2015). Both falls, along with other rapids in the upper Madeira River, were flooded in 2011 by the Santo Antônio and Jirau run-of-river dams built at a 110-km interval over the Santo Antônio and the upriver Caldeirão rapids, respectively.…”

Section: Study Areamentioning

confidence: 99%

Spatial segregation between Chalceus guaporensis and Chalceus epakros (Osteichthyes: Characiformes) in the Madeira River, Amazon Basin

et al. 2018

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Chalceus guaporensis is an endemic fish to the upper Madeira River whereas C. epakros is widespread in many rivers of the central and lower portions of the Amazon Basin, middle and upper Orinoco River Basin, the Essequibo River in Guyana and in the Nanay River in northern Peru. According to literature, both species do not occur in syntopy. We carried out ichthyological surveys along the Madeira River Basin and its rapids, and data on abundance, diet and habitat use were obtained for both species. Chalceus guaporensis and C. epakros are morphologically similar, occupying floodplain habitats and exploiting similar food resources. The former predominated upstream from the Jirau Fall, whereas the latter had most of its abundance bellow the last fall of the Madeira River; both species cooccurred along part of the rapids stretch and in the Machado River, but with strongly uneven abundances. This pattern may have developed in the past by speciation regarding the presence of the falls, while co-occurrence of the two species seems to be regulated by competitive interactions or maintained by slight differences in environmental requirements nowadays. The recent disruption of the Madeira River by two run-of-river dams built in cascade submerged a large portion of the rapids stretch and substituted it by semi-lenthic habitats created by the dam reservoirs, together with the construction of a fish passage. These environmental changes may allow the invasion of the upper reaches of the Madeira River by C. epakros, and disturb the population of endemic C. guaporensis. KEYWORDS:Alestidae; coexistence; biology; geographical barrier; muddy water Segregação espacial entre Chalceus guaporensis e Chalceus epakros (Osteichthyes: Characiformes) no rio Madeira, Bacia Amazônica RESUMOChalceus guaporensis é descrita como uma espécie endêmica do alto rio Madeira, enquanto C. epakros está amplamente distribuída em rios das porções central e inferior da bacia Amazônica, no médio e alto rio Orinoco, e nos rios Essequibo, na Guiana, e Nanay, no norte do Peru. A literatura não registra essas espécies como sintópicas. Expedições ictiológicas realizadas ao longo do rio Madeira e suas corredeiras nos deram a oportunidade de registrar a presença, abundância, habitat e dieta utilizadas por essas espécies. Chalceus guaporensis e C. epakros são muito similares morfologicamente, ocupam habitats inundáveis e apresentam espectro alimentar semelhante. A primeira espécie predominou a montante da cachoeira Jirau, enquanto que a segunda teve a maior parte de sua abundância registrada à jusante das cachoeiras do rio Madeira. Ambas espécies coocorreram ao longo de parte do trecho de corredeiras e no rio Machado, mas com abundâncias muito desiguais. Esse padrão pode ter se desenvolvido no passado, por especiação, em função da presença das corredeiras, enquanto a coocorrência das duas espécies parece ser regulada por interações competitivas ou mantida por diferenças sutis em requisitos ecológicos no tempo atual. O recente barramento do rio Madeira por dua...

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Testing the Effects of Barriers on the Genetic Connectivity inPodocnemis erythrocephala(Red-Headed Amazon River Turtle): Implications for Management and Conservation

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Turtles of the World: Annotated Checklist and Atlas of Taxonomy, Synonymy, Distribution, and Conservation Status (8th Ed.)

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Marcador de DNA Mitocondrial para Estudos Genético-Populacionais de Tartaruga-da-amazônia (Podocnemis expansa Schweigger, 1812)

Spatial segregation between Chalceus guaporensis and Chalceus epakros (Osteichthyes: Characiformes) in the Madeira River, Amazon Basin

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