A Sistemática é a ciência que inclui a Taxonomia, por sua vez responsável por descrever, nomear, identificar e classificar os seres vivos. A Sistemática é importante na organização das informações sobre toda a diversidade biológica presente no planeta. Os sistemas de classificação ganharam nova dimensão a partir da Sistemática Filogenética, que traz atualmente a forma mais adequada para a classificação dos seres vivos, ou seja, a ancestralidade. O presente trabalho foi desenvolvido a partir da disciplina de Sistemática Filogenética, ofertada no Programa de Pós-Graduação em Educação em Ciências e Matemática, com objetivo de levantar artigos sobre Sistemática Filogenética existentes em periódicos nacionais e internacionais da área de Ensino de Ciências. Foram encontrados treze artigos, no entanto, foram analisados apenas aqueles que abordam a Sistemática Filogenética relacionada às questões de Ensino de Ciências. De todos os trabalhos encontrados, 50% realizaram análise de livro didático, e poucos trouxeram a filogenia como eixo integrador no estudo dos seres vivos. A partir das análises dos artigos podemos perceber que a Filogenia como processo evolutivo tem sido pouco trabalhada no Ensino de Ciências e Biologia, pois os livros ainda insistem na abordagem funcional, trazendo apenas aspectos fisiológicos ao tratar de diferentes grupos de seres vivos. Além disso, percebe-se a necessidade de fomentar as discussões sobre filogenia no processo de formação inicial docente.