The effect of poly(U) on the arrangement of tRNA^Phe in donor tRNA‐binding site of Escherichia coli ribosomes

The effect of aminoacyl‐ or peptidyl‐tRNA at the A‐site on the arrangement of deacylated tRNA at the ribosomal P‐site

“…One of the most useful tools to study tRNA-ribosome interactions is photoaffinity labelling of ribosomes by photoreactive derivatives of E. coli tRNAPhe bearing arylazido groups on guanine residues (azido-tRNA) [l-4]. Earlier we used azido-tRNA for identification of ribosomal proteins interacting with deacylated tRNA bound at the P-site nonenzymatically in the presence of poly(U) at 20 mM Mg'+ [l] and 10 mM Mg'+ [2] and without poly(U) at 20 mM Mg*+ [3] as well as with Phe-azido-tRNA located at the A-site by EFTu and GTP (the P-site was blocked with total deacylated tRNA) [2,4]. These model states of tRNA are widely used to study tRNA-ribosome interactions but none of them is realized in a translating ribosome.…”

Photoaffinity modification of E-site of Escherichia coli ribosomes

“…Фотосшивки специфичны (не наблюдаются вне комплекса), поскольку они ингибируются избытком немодифицированной тРНК (таблица, эксперимент 2). Факт преимущественной модификации 30S субчастиц следует обсудить подробнее, поскольку такая модификация наблюдалась ранее при локализации азидо-тРНК в Р-сайте [12,13,15]. В первом типе экспериментов (таблица, эксперименты 1, 2) нельзя исключить некоторого «паразитического» связывания азидо-тРНКон с Р-сайтом за счет обмена с AcPhe-TPHK phe (либо со свободным Р-сайтом), так как сродство TPHK phe OH к Р-сайту заметно выше, чем AcPhe-TPHK phe при 20 мМ Mg 2 + и O 0 C [16].…”

“…2, а. Единственный белок большой субчастицы, модифицируемый азидо-тРНК в Е-сайте 70S рибосом, -LlO -сшивается с производным тРНК и в составе комплекса с изолированными 50S субчастицами. Набор белков, модифицируемых азидо-тРНК в Е-сайте 70S рибосом, существенно ότ-личается от наборов белков, сшивающихся с азидо-тРНК в А-и Р-сайтах в различных функциональных состояниях [12,13,15] (рис. 4).…”

“…4. The sets of ribosomal proteins which were identified to be cross-linked with azido-tRNA in the course of its passage through different model states of elongation cycle: Ai -Phe-azido-tRNA located enzymatically at Α-site before GTP hydrolysis (R-site) [13]; A 2 -the same but after GTP hydrolysis before transpeptidation [13]; A 3 -the same but after transpeptidation [13]; P i -(Phe) n -azido-tRNA at P-site (posttranslocational state) [12], P 2 -azido-tRNA Phe at P-site, (Phe) n +i-tRNA at Α-site (pretranslocational state of the next cycle) [12]; £ 70 -70S ribosomal Ε-site; E 5 O -a site for tRNAoH binding on isolated 50S subunit локализованной как в Ε-, так и в А-или Р-сайтах в некоторых функциональных состояниях [12,13,15] (см. также рис.…”