The influenza A virus NS genome segment displays lineage-specific patterns in predicted RNA secondary structure

Abstract

BackgroundInfluenza A virus (IAV) is a segmented negative-sense RNA virus that causes seasonal epidemics and periodic pandemics in humans. Two regions (nucleotide positions 82–148 and 497–564) in the positive-sense RNA of the NS segment fold into a multi-branch loop or hairpin structures.ResultsWe studied 25,384 NS segment positive-sense RNA unique sequences of human and non-human IAVs in order to predict secondary RNA structures of the 82–148 and 497–564 regions using RNAfold software, and determined their host- and lineage-specific distributions. Hairpins prevailed in avian and avian-origin human IAVs, including H1N1pdm1918 and H5N1. In human and swine IAV hairpins distribution varied between evolutionary lineages.ConclusionsThese results suggest a possible functional role for these RNA secondary structures and the need for experimental evaluation of these structures in the influenza life cycle.Electronic supplementary materialThe online version of this article (doi:10.1186/s13104-016-2083-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Safety and Immunogenicity of Cold-Adapted Recombinant Influenza Vector Expressing Esat-6 and Ag85а Antigens of M. Tuberculosis

“…В то же время были обнаружены и полифункциональные антиген- Подобная конструкция возникла в результате делеции в модифицированном гене NS1, который изначально содержал полноразмерный Ag85A и сайт расщепления 2А после ESAT-6. Причиной возникновения делеции могли стать нарушения консервативной вторичной структуры в участке 495-564 генного сегмента NS, которая, вероятно, играет определенную роль в адаптации вируса гриппа к организму хозяина [16,17]. Полученный делеционный вариант вируса при этом был генетически стабилен и сохранял вставку ESAT-6_Ag85A при пассировании в куриных эмбрионах.…”

Evolutionary Dynamics of Structural and Functional Domains of Influenza a Virus Ns1 Protein

“…На рис. 1 представлена схема филогенетического дерева гена NS (области гена NS, соответствующей открытой рамке считывания белка NS1) ВГА человека и свиньи, отражающая современную модель его эволюции [11,12]. Включение в анализ ВГА свиного происхождения связано с тем, что они филогенетически близки вирусам человека и вносят существенный вклад в появление новых вирусных подтипов в процессе реассортации генетических сегментов [13,14].…”

“…данными филогенетического анализа гена NS, согласно которому кластеризуются две линии NS av_ori и NS pdm1918 [11,12]. Сегменты NA и М вирусов H1N1 pdm2009 человека происходят от ВГА свиней H1N1 евразийской линии, в то время как остальные 6 сегментов -от тройного реассортантного вируса свиней H1N2, появившегося в конце 90-х годов прошлого века [10,18] [12].…”

“…Сегменты NS вирусов H3N2 первых лет циркуляции и вирусов H2N2 последних лет циркуляции были филогенетически близки. Это свидетельствует о том, что ген NS, не претерпев существенных изменений, продолжил эволюционировать в вирусах H3N2 человека [11,12].…”

Treatment of Influenza: Prospects of Post-Transcriptional Gene Silencing Through Synthetic siRNAs

“…However, new findings have revealed that this eight-segment genome could encode up to 18 proteins, and more proteins could be discovered in the future. 7 The 10 proteins initially recognized are polymerase basic protein 2 (PB2), polymerase basic protein 1 (PB1), polymerase acidic protein (PA), HA, nucleocapsid protein or nucleoprotein (NP) and NA, encoded by segments 1, 2, 3, 4, 5 and 6, respectively. They also include matrix 1 (M1) and matrix 2 (M2) proteins (from segment 7) and non-structural protein 1 (NS1) and non-structural protein 2 (NS2; also known as nuclear export protein, NEP) (from segment 8).…”