Desde a origem até o consumo, a gestão logística acompanha a entrega de bens e serviços com a finalidade de responder as necessidades dos clientes. Todavia, a ineficiência na integração das atividades logísticas poderá contribuir de forma negativa na lucratividade do empreendimento. O elemento central deste artigo foi identificar quais os principais desafios na gestão logística de integração das atividades primárias e de apoio em uma microempresa fabricante de biscoitos. O estudo justifica-se em função da expansão acelerada que contribuiu para o não planejamento efetivo do setor logístico, além da queda no desempenho da empresa ante aos clientes. Nesse contexto, buscou-se desenvolver uma pesquisa de natureza aplicada, abordagem qualitativa e objetivo exploratório. O procedimento técnico utilizado foi o estudo de caso. A pesquisa consistiu em (i) definir a estrutura conceitual-teórica; (ii) planejar o caso; (iii) conduzir o teste piloto; (iv) coletar os dados; (v) analisar os dados; e (vi) gerar o relatório. Foram evidenciados múltiplos desafios durante a análise, como por exemplo, atrasos nas entregas das mercadorias aos clientes. Sugere-se a contratação de um operador logístico na fábrica de biscoitos para auxiliar a criação, planejamento, implementação, desenvolvimento e gestão das atividades de transportes, manutenção de estoques e processamento de pedidos. As conclusões provenientes do estudo destacam que a presença e atuação do operador logístico na microempresa poderá gerar benefícios como o aumento na qualidade do nível de serviço ao cliente e obtenção de vantagem competitiva perante a concorrência.