El presente artículo analiza el alcance de la obligación de investigar, juzgar y sancionar en escenarios de transición de conflicto armado a una paz negociada, a la luz de la jurisprudencia del Sistema Interamericano de Derechos Humanos (SIDH) y del marco jurídico que rige a la Corte Penal Internacional (CPI). A través de un análisis doctrinal y jurisprudencial, las autoras identifican que existen debates, vacíos y cuestiones problemáticas en la determinación de la obligación de investigar, juzgar y sancionar, y que para darle mayor claridad deben analizarse conjuntamente el SIDH y el marco normativo de la CPI, ya que pueden resultar complementarios teniendo en cuenta el alto contenido penal de la obligación. Así mismo, las autoras evidencian que la existencia de vacíos en la determinación de la obligación, especialmente en relación con las conductas objeto de la obligación y la posibilidad de seleccionar casos y concentrarse en los máximos responsables, tiene graves consecuencias para la seguridad jurídica de los Estados y de los ciudadanos.