Zgodnie z teorią inteligentnego projektu pewne zjawiska biologiczne i kosmiczne zostały zaprojektowane przez istotę inteligentną, która równie dobrze może być naturalna, jak nadnaturalna, a projekt ten jest wykrywalny naukowo. Krytycy wysuwają jednak zarzut, że o nienaukowym charakterze tej teorii świadczy fakt, iż nie jest ona użyteczna dla nauki, gdyż nie inspiruje nowych badań naukowych, hamując postęp nauki. Brak programu badawczego lub niedostatek realizowanych projektów badawczych dostrzegają nawet zwolennicy tej teorii, artykuł przedstawia jednak pewne możliwe w ramach teorii inteligentnego projektu badania. Chociaż z perspektywy metodologicznej opracowanie programu badawczego przez teoretyków projektu nie jest niezbędne, to realnie patrząc, ewentualny naukowy sukces teorii inteligentnego projektu zależy w dużej mierze od tego, czy zwolennicy tego ujęcia przekonają naukowców, że w jego ramach będą mogli coś robić, że może być ono dobrym, płodnym przewodnikiem badań, i dlatego wymaga od teoretyków projektu większego zaangażowania w wysiłek tworzenia i aktywnej realizacji programu badawczego niż można to było dotychczas zaobserwować z ich strony.