Objetivo: Comparar em recém-nascidos com taquipneia transitória se o método reequilíbrio tóraco-abdominal (RTA) aumentou a dor imediatamente após. Métodos: Estudo de ensaio clínico randomizado. Quarenta e nove recém-nascidos com diagnóstico de taquipneia transitória com menos de 72 horas de vida, foram incluídos para receber fisioterapia respiratória. Os participantes receberam os cuidados usuais e uma sessão de fisioterapia convencional ou do método reequilíbrio tóraco-abdominal. Foram registradas a escala NIPS (Neonatal Infant Pain Scale), a saturação periférica de oxigênio, a frequência cardíaca, a frequência respiratória e a temperatura axilar antes e depois da fisioterapia. Para as comparações entre as medidas, foram utilizados o teste de ANOVA de Kruskal-Wallis e o teste de McNemar. O risco relativo de dor após os procedimentos foi calculado usando o modelo de regressão de Poisson (estimação robusta). Foi considerado o nível de significância de 5% para todas as análises (p < 0,05). Resultados: O método RTA não foi associado a dor. Após a fisioterapia respiratória, a escala NIPS reduziu (2 versus 3, p < 0,001) e a proporção de recém-nascidos com dor também reduziu (10,2% versus 28,6%, p = 0,02). O risco relativo de dor após a fisioterapia respiratória em comparação a antes, foi de 0,3 (IC 95% 0,15-0,41; p = 0,02), a frequência respiratória diminuiu (58 versus 70, p < 0,001) e a saturação periférica de oxigênio aumentou (98% versus 96%, p < 0,001). Conclusão: Em recém-nascidos com taquipneia transitória nas primeiras 72 horas de vida, o método RTA não influenciou a avaliação da dor, a fisioterapia respiratória foi segura e reduziu a dor imediatamente após.