El género Bacillus presenta una amplia diversidad metabólica asociada a su prevalencia en diversos ecosistemas. En la actualidad, una de las características más estudiadas de este género bacteriano es su capacidad para disminuir la incidencia de enfermedades en cultivos agrícolas, debido a la represión directa o indirecta del crecimiento de los agentes causales dichas enfermedades. Entre los mecanismos más estudiados en el control biológico de cepas del género Bacillus contra agentes fito-patógenos destacan los lipopéptidos, tales como surfactinas, iturinas y fengicinas, los cuales son compuestos de bajo peso molecular con características anfifílicas que proporcionan protección a las plantas tanto en condiciones previas como posteriores a la cosecha. Los lipopéptidos pueden antagonizar directamente a los agentes fito-patógenos y inducir estrategias de resistencia sistémica en las plantas asociadas. Sin embargo, el amplio uso de lipopéptidos en el sector agrícola, farmacéutico, o alimentario depende del desarrollo de procesos analíticos eficientes y económicos para la extracción, identificación, y cuantificación de dichos compuestos bioactivos. Este ensayo presenta un análisis sobre diversos procedimientos analíticos empleados para la extracción, e identificación cualitativa y cuantitativa de estos metabolitos.