Kematian massal ikan merupakan salah satu permasalahan utama yang dihadapi di Ranu Klakah. Hal ini diakibatkan oleh proses kompleks seperti akumulasi bahan organik baik pada dasar perairan maupun kolom air, serta fenomena up welling yang terjadi secara rutin setiap tahun di perairan tersebut. Pada tahap awal penumpukkan bahan organik di dasar perairan mengakibatkan pembentukan lapisan anaerobik yang makin besar dan senyawa beracun seperti H2S dan NH3. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis status kualitas air, dinamika kadar bahan organik yang disebabkan fenomena up welling, dan hubungan bahan organik dengan parameter kualitas air di Ranu Klakah. Analisis data yang digunakan untuk mengetahui hubungan kualitas air terhadap kelimpahan konsorsium mikroorganisme dengan menggunakan bentuk uji korelasi pearson. Parameter kualitas air yang diukur pada aspek fisika: warna, bau, rasa,temperatur, dan kecerahan/ cuaca, lalu aspek kimia yang diperiksa/diukur langsung di lapangan seperti pH, dissolved oxygen (DO), Biological Oxygen Demand (BOD) dan amonia. Hasil pengukuran parameter bahan organik di Ranu Klakah selama sebelum dan pada saat up welling sangat fluktuatif. Nilai Bahan Organik Ranu Klakah terendah terjadi saat sebelum up welling yaitu pada stasiun outlet dengan nilai bahan organik 3,03% nilai terendah pada saat up welling pada stasiun Inlet dengan nilai bahan organik 7,31%. Hasil analisis hubungan beberapa kualitas air dengan bahan organik pada Ranu Klakah yaitu berpengaruh nyata. Hasil pengukuran pada parameter kualitas air suhu yaitu antara 27°C -28 °C, nilai pH pada perairan yaitu 7, DO pada perairan antara 11,8 mg/L -13,3 mg/L, nilai BOD antara 1,8 mg/L -3,1 mg/L, konsentrasi amonia pada perairan 0,15, konsentrasi nitrat yaitu 0 mg/l dan konsentrasi nitrit diantara 25-50 mg/l.