Using alternative buffer for DNA genomic isolation in forest trees

Abstract

Optimasi prosedur dapat dilakukan terhadap jenis larutan buffer yang digunakan atau dari teknik penanganan fisik dalam pelaksanaan ekstraksi pada tanaman kehutanan pada pemisahan Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) genom dari senyawa lain. Penelitian ini menggunakan tiga jenis buffer yaitu: 1) CTAB, 2) Deterjen mengandung surfaktan Alkyl Benzene Sulfonate (ABS) dan 3) Deterjen mengandung surfaktan Sodium Laureth Sulphate (SLS). Tujuan penelitian adalah untuk menentukankan metode isolasi DNA yang optimal dengan menggunakan buffer alternatif pengganti CTAB secara optimal, serta untuk mempermudah isolasi DNA di daerah-daerah terpencil yang umumnya sulit memperoleh CTAB untuk menghasilkan DNA genom yang berkualitas baik serta jumlah DNA yang memadai sesuai kepentingan kajian yang berbasis DNA pada tanaman kehutanan. Parameter yang diukur pada penelitian yaitu keberadaan DNA dan konsentrasi DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolasi DNA 12 spesies tanaman hutan berhasil dilakukan dengan baik menggunakan buffer CTAB dan deterjen mengandung surfaktan Alkyl Benzene Sulfonate (ABS) sedangkan untuk buffer deterjen mengandung surfaktan Sodium Laureth Sulphate (SLS) tidak berhasil dilakukan. Hal ini dibuktikan dengan terlihatnya fiber atau benang putih pada supernatan setelah pemberian isopropanol yang kemudian dibuktikan dengan visualisasi pita DNA genomik dari hasil elektroforesis dan hitungan nanodrop spektrofotometer. Kuantitas DNA (konsentrasi DNA) tertinggi terdapat pada 19 sampel tanaman yang menggunakan buffer CTAB dan deterjen surfaktan ABS dengan konsentrasi sebesar 1.403,8 -3.412,7 ng/µl. Dapat disimpulkan bahwa selain buffer CTAB, buffer deterjen surfaktan ABS juga dapat digunakan sebagai buffer alternatif untuk isolasi DNA pada tanaman kehutanan.