As espécies do gênero Passiflora são amplamente distribuídas no território brasileiro, sendo algumas delas utilizadas na indústria, nos setores de ornamentação, farmacêutico e alimentício. Concomitante ao interesse econômico, o gênero, possui importância ecológica, devido à grande diversidade de espécies silvestres. Desta forma, o conhecimento molecular do maracujazeiro traz benefícios para os programas de melhoramento e conservação dessas espécies. Com finalidade de produzir dados e gerar subsídios em estudos genéticos de maracujazeiro, foram caracterizados e selecionados 23 iniciadores ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) para 8 espécies de Passiflora spp. e 12 cultivares (BRS). Foi utilizado gel de agarose a 2% e luz ultravioleta para amplificação e visualização dos produtos amplificados. Os iniciadores ISSR apresentaram resultados satisfatórios, dentre os 23 iniciadores, 16 obtiveram valores acima de 60% de eficiência na classificação como bom (presença de 2 marcas ou mais). Em decorrência dos resultados apresentados, pode-se atestar que, tais iniciadores são adequados para estudos de polimorfismo, estrutura e diversidade genética em espécies do gênero Passiflora, além de, auxiliar programas de conservação e melhoramento.