Penggunaan pewarna sintetis dalam histologi dapat memberikan dampak buruk bagi kesehatan dan lingkungan. Keberadaan pewarna alami menjadi alternatif permasalahan tersebut, salah satunya ekstrak biji kesumba keeling (Bixa orellana L.). Riset ini dilakukan bertujuan untuk mengetahui konsentrasi ekstrak biji kesumba keling yang memberikan pewarnaan jaringan terbaik pada gambaran histologi organ hepar, insang, dan ginjal ikan nila (Oreochromis niloticus). Riset dilakukan selama empat bulan dan terbagi menjadi 4 tahapan, yaitu tahap aklimatisasi ikan, ekstraksi biji kesumba dengan pelarut etanol 70%, pembuatan preparat dengan metode parafin, dan pengamatan struktur histologis jaringan ikan. Konsentrasi ekstrak biji kesumba yang digunakan adalah 35%, 50% dan 70%. Masing-masing konsentrasi pewarna diulang sebanyak 5 preparat. Hasil pengamatan gambaran histologis dilakukan secara deskriptif. Hasil penelitian menunjukkan ekstrak biji kesumba mampu memberikan warna merah muda pada sitoplasma sel dan dapat menggantikan pewarna eosin sehingga berperan sebagai counterstaining terhadap pewarna hematoksilin. Akan tetapi ekstrak biji kesumba tidak memberikan warna pada inti sel sehingga tidak dapat menggantikan pewarna hematoksilin. Konsentrasi ekstrak biji kesumba yang memberikan warna sediaan jaringan paling baik adalah konsentrasi 50%.