Ambientes costeiros como baías, estuários e gamboas são importantes por serem regiões de alta produtividade e influenciadas por atividades antrópicas. Neste estudo foram avaliadas o pico, nano e microplâncton auto e heterotrófico em gamboas do município de Pontal do Paraná. Foram realizadas coletas trimestrais, entre abril de 2003 e abril de 2004, de águas superficiais de três estações de quatro gamboas (Perequê, Penedo, Barranco e Olho d´Água) durante as baixamares de sizígia. Quantidades maiores de organismos protozooplanctônicos foram diretamente relacionadas com o fitoplâncton nas estações externas de todas as gamboas, destacando-se as da Gamboa Perequê. Houve uma correlação direta entre o protozooplâncton e o picoplâncton heterotró- fico no outono e primavera de 2003 e verão de 2004 e inversa no inverno de 2003 e outono de 2004. Entre o protozooplâncton e o nanoplâncton heterotrófico a correlação foi direta no inverno, verão e outono de 2004 e inversa no outono de 2003. Na primavera, a quantidade de nanoplâncton heterotrófico não apresentou relação quantitativa com o protozooplâncton. Estes resultados indicam que, na região estudada, a maior salinidade, maior transparência da água e principalmente maior quantidade de fitoplâncton parecem ser mais importantes para o protozooplâncton que uma possível quantidade de pico- e nanoplâncton heterotrófico. Palavras chave: Gamboas, autotrófico, heterotrófico, Pontal do Paraná.