Conocer estructuralmente el bosque permite entender la relación natural entre especies nativas y silvestres del género Theobroma; sin embargo, resulta escasa la información sobre el particular en regiones tropicales. El objetivo del presente trabajo fue evaluar la estructura, composición y diversidad de bosques asociados a los taxones silvestres de Theobroma en la Amazonía Colombiana. Se establecieron cinco parcelas circulares de 25.24 m de diámetro (500 m2) en el municipio Cartagena de Chairá departamento del Caquetá y en el municipio Puerto Leguízamo, departamento de Putumayo. Asociados a especies silvestres de Theobroma en la Amazonía Colombiana se registraron 190 individuos, distribuidos en 35 familias, 85 géneros y 123 especies. Las familias con mayor índice de valor de importancia fueron Moraceae (41.04), Fabaceae (37.31), Myristicaceae (34.33), Malvaceae (26.53), Burseraceae (24.67), Lecythidaceae (17.07), Lauraceae (13.47) y Rubiaceae (12.40); en cuanto a las especies destacaron por su IVI Iryanthera laevis, Brosimum cf. potabile, Eschweilera albiflora, Iryanthera crassifolia, Neea parviflora, Theobroma glaucum y Parinari campestri. Los valores de diversidad de Shannon mostraron que los bosques de El Guamo y La Cocha presentan un alto grado de diversidad (3.58 y 3.51, respectivamente). Los índices fitosociológicos y de valor de importancia permitieron identificar cuatro taxones arbóreos sobresalientes: Iryanthera laevis, Brosimum cf. potabile, Eschweilera albiflora e Iryanthera crassifolia; los cuales de alguna manera representan un potencial para la conservación de materiales criollos de cacao.