OBJETIVO Apresentar um protocolo para a crítica dos dados sobre monitoramento do fluoreto na água com recursos de programação do software R, ilustrando sua aplicação para descrever a cobertura dos dados e a qualidade da fluoretação em 2015. MÉTODOS Foi utilizado big data proveniente do Sistema de Informação de Vigilância da Qualidade da Água para Consumo Humano que incluía todos os municípios brasileiros. Os procedimentos de crítica dos dados foram realizados com auxílio do software R. Aplicaram-se filtros para remover municípios com menos de quatro meses de registro (1), e registros com valores nulos (2) e aberrantes (3). Os municípios foram classificados quanto à presença de informações válidas e à qualidade da fluoretação segundo macrorregião, unidades da federação e porte populacional, apresentando-se o script em cada passo. RESULTADOS Foram analisados aproximadamente 134 mil registros. Dos municípios brasileiros, 39% possuíam dados sobre o parâmetro fluoreto e apenas 33,3% apresentaram quatro meses ou mais de frequência de informação. Após a aplicação dos filtros, 1.810 (32,5%) municípios apresentaram informação válida para o parâmetro fluoreto, com substancial variação entre as macrorregiões Sul (83,6%) e Norte (0,7%). Destes, 726 (40,1%) exibiram muito boa qualidade da fluoretação, determinada por 80% ou mais de registros dentro do intervalo concentração ótima para prevenção da cárie dentária, com valor mais alto (54,3%) nos municípios com 50 mil habitantes ou mais e mais baixo (34,2%) naqueles com menos de 10 mil habitantes. CONCLUSÕES Persistem importantes diferenças entre e dentro das macrorregiões brasileiras no que se refere tanto à disponibilidade da informação sobre o parâmetro quanto à qualidade da fluoretação da água nos sistemas de abastecimento público no Brasil. O protocolo para crítica e manuseio dos dados com recursos de programação do software R se mostrou bastante útil para produção de informação voltada a tomada de decisão ancorada em método padronizado.