La anovulación ocurre en el 30 % de la infertilidad y la amenorrea secundaria en el 4 % de mujeres en edad reproductiva. Ambas alteraciones se pueden tornar crónicas conllevando riesgos de hiperestrogenismo e hipoestrogenismo crónicos. Tanto la anovulación como la amenorrea secundaria tienen las mismas causas endocrinas, excepto que la amenorrea tiene una adicional de causa uterina. No obstante existen muchas clasificaciones etiológicas, unas combinan la amenorrea secundaria con la primaria, otras se enfocan más a la anovulación y algunas agrupan las etiologías en compartimentos, sin lograr hacerlo en forma integral. El objetivo es revisar las clasificaciones etiológicas de anovulación y amenorrea secundaria, junto con la actualización de cada una de esas causas, a fin de seleccionar la clasificación que las agrupe integralmente para enfocar el manejo en forma fácil y práctica. Para ello, se revisó la literatura médica reciente en libros de texto, PubMed, Ovid, Clinical guidelines y Cochrane library, con palabras claves. Se concluye que la clasificación etiológica integral en cinco compartimentos es una guía fácil de seguir, para lograr el diagnóstico de cada una de esas causas, actualmente, cuando existen medicamentos y procedimientos quirúrgicos seguros para manejarlas como anovulación o como amenorrea secundaria.