INTRODUÇÃO: A identificação da cobertura vacinal e dos fatores responsáveis pelo retardo ou pela falta de imunizações é fundamental para a adequada monitorização dos programas de vacinação e para se identificar e atingir as crianças que não são vacinadas adequadamente. MÉTODOS: Foi realizado inquérito domiciliar transversal, em amostra aleatória por conglomerados em múltiplos estágios de crianças de 12 a 59 meses de idade, no Município de São Luís, Maranhão, Brasil, em 1994. Utilizou-se questionário padronizado respondido pela mãe ou responsável pela criança. Foram visitados 50 setores censitários; em cada um foram amostrados 40 domicílios, onde foram encontradas, em média, 15 crianças. O efeito de desenho foi calculado para cada estimativa. A não-vacinação foi analisada em relação a indicadores socioeconômicos, demográficos e à morbidade referida pela regressão de Cox. RESULTADOS: A cobertura vacinal foi de 72,4% para BCG, 59,9% para 3 doses da vacina Sabin, 57% para 3 doses de vacina DPT (difteria, coqueluche e tétano) e 54,7% para a vacina anti-sarampo. A baixa escolaridade materna foi o principal fator de risco para a não-vacinação após o controle dos fatores de confusão. CONCLUSÃO: As coberturas vacinais foram baixas. Uma das estratégias sugeridas para o aumento das coberturas é o incremento das atividades de educação em saúde.