Współczesny rozwój gospodarki opartej na wiedzy i technologii sprawia, iż niezwykle ważne stają się analizy i oceny struktur gospodarki pod względem stopnia jej nowoczesności. W okresach dekoniunktury gospodarczej, badania odnoszące się do innowacyjności podmiotów gospodarczych nabierają szczególnego znaczenia w perspektywie uwarunkowań procesu rozwoju gospodarczego. Celem przeprowadzonych badań była analiza i ocena zmian przestrzennych w rozmieszczeniu podmiotów przemysłu przetwórczego ze względu na poziom jego innowacyjności w dwóch polskich aglomeracjach (krakowskiej i wrocławskiej) w latach 2018-2021, tj. obejmujących głównie okres kryzysu pandemicznego Covid-19. Zmiany w strukturze przestrzennej przemysłu zostały zaprezentowane z wykorzystaniem klasyfikacji przetwórstwa przemysłowego według intensywności R&D w układzie techniki wysokiej, średnio-wysokiej, średnio-niskiej i niskiej zarówno w ujęciu statycznym jak i dynamicznym. Do analizy i identyfikacji stopnia koncentracji i specjalizacji przestrzennej przemysłu wykorzystano metody ilościowe. Przeprowadzone badania wykazały, że dekoniunktura gospodarcza wynikająca ze wspominanego kryzysu, miała niewielki wpływ na badane zjawisko. Zanotowane zmiany były analogiczne do zmian z lat wcześniejszych. Jedynym wyjątkiem, były odmienne trendy w rozmieszczeniu podmiotów przemysłowych niskiej techniki. Być może konsekwencje zaistniałych uwarunkowań gospodarczych będących następstwem okresu pandemicznego uwidocznią się dopiero w dłuższym horyzoncie czasowym.