Zuckerseitige Wechselwirkungen in einem DNA‐RNA‐G‐Quadruplex: Hinweise auf sequentielle C−H⋅⋅⋅O‐Wasserstoffbrücken als Beitrag zur RNA‐Quadruplex‐Faltung

Abstract

DNA-G-Quadruplexewurden systematischananti-dG-Positionen mit einzelnen Riboguanosin-Bausteinen (rG) modifiziert. Zirkulardichroismus-und NMR-Experimente bestätigen den Erhalt der nativen Quadruplex-Topologie für den Großteil der DNA-RNA-Hybridstrukturen. Veränderungen in der C8-chemischen Verschiebung von Guanosinen an der 3'-Seite einer rG-Substitution im Quadruplex-Kern legen C8-H···O-Wasserstoffbrücken mit dem O2' des C2'-endo-Ribonukleotids nahe.E ine geometrische Analyse bekannter, hochaufgelçster Strukturen deutet darauf hin, dass entsprechende Wechselwirkungen ein allgemeineres Merkmal in RNA-Quadruplexen sind und mçglicherweise zur beobachteten Präferenz fürparallele Topologien beitragen.Abbildung 4. Veränderungen der C6/C8-H6/H8 1 J-skalaren Kopplung in MYC(9) im Vergleich zu MYC(0);der weiße Balken entspricht der rG-Substitutionsstelle;experimentelle Unsicherheit AE 0.7 Hz.Abbildung 3. Veränderungen in der 13 C-chemischen Verschiebung des C6/C8 in a) ODN, b) MYC und c) rHT; Quadruplexe wurden mit rG (ODN, MYC) oder dG (rHT) an der Position n modifiziert und mit der unmodifizierten G4-DNA oder G4-RNA verglichen.