Встречаемость островов в геномах природных штаммов<i>Sinorhizobium meliloti</i>

Мунтян, В. С.; Cherkasova, M. E.; Андронов, Е. Е.; Симаров, Б. В.; Румянцева, М. Л.

doi:10.7868/s0016675816080105

Cited by 3 publications

(10 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Наличие ГО определяли методом ПЦР с использованием оригинальных пар праймеров на внешние пограничные участки [36]. ДНК штамма Rm1021, содержавшего три острова (Sme19T, Sme21T и Sme80S), и штамма СХМ1-105, в геноме которого нет островов, использовали в качестве контроля в экспериментах по выявлению ГО в геномах штаммов согласно работе [31].…”

Section: материалы и методыunclassified

“…Это доказывает, что ГО участвует в процессах отдаленного горизонтального переноса генов. Показано, что штаммы даже одного вида могут значительно различаться по наличию ГО [34][35][36], однако для клубеньковых бактерий нет данных о зависимости встречаемости ГО от характеристик корового генома. [37].…”

unclassified

“…1) [28]. В составе Sme80S присутствуют копии генов, имеющих отношение к симбиотической активности и процессам метаболизма осмопротекторов [36]. Выявлены достоверные различия по встречаемости Sme80S и Sme21T у штаммов S. meliloti, адаптированных к засоленным и засушливым почвам соответственно [28].…”

unclassified

See 2 more Smart Citations

Sinorhizobium meliloti: chromosomal types and genomic islands

Cherkasova

Евгеньевна²,

Muntyan

et al. 2019

Ecological genetics

View full text Add to dashboard Cite

Background. Polymorphism analysis was done for the core genome sequences of nodule bacteria of S. meliloti species in order to identify chromosomal types and to evaluate the occurrence of accessory elements (genomic islands) in them. Materials and methods. Chromosomal studied loci were: betBC (marker M-I) and SMc04407-SMc04881 (marker M-II) both are related to metabolic processes and stress tolerance, and 16S-23S intergenic sequences (marker M-III) to search phylogenetical distance at intraspecies level. Results. Significant differences between the occurrence of alleles of gene-markers M-I/M-II and MIII were determined between strains related to tested the 5 typical groups and 9 subgroups of strains differing by geographical region/source (nodule, soil) of isolation, as well as by salt tolerance. Four chromosomal types were identified among tested S. meliloti native isolates and a preference occurence of one of the three islands Rm1021 in links with particular chromosomal type was shown. The significant prevalence of strains with particular chromosomal type was shown for S. meliloti populations native to centers of alfalfa diversity at the NE of Caucasus, as well as at NE of Kazakhstan (Aral sea related region), as well as in agrocenoses. Conclusion. It was predicted that strains inherited altered markers M-I/M-II may belong to divergent clonal lines occured in both centers of alfalfa diversity, while strains with altered sequences of all three markers could be a representatives of a new S. meliloti biovar(s), the formation of which is occurred much more intensively at the modern center of the introgressive hybridization of alfalfa at NE of Kazakhstan.

show abstract

Section: материалы и методыunclassified

unclassified

See 1 more Smart Citation

Sinorhizobium meliloti: chromosomal types and genomic islands

Cherkasova

Евгеньевна²,

Muntyan

et al. 2019

Ecological genetics

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Симбиотические острова относятся к типу геномных островов, которые описаны и у быстрорастущих видов клубеньковых бактерий. Однако в случае последних гены, имеющие отношение к симбиотической активности или к фитнесу ризобий, чаще единичны и встречаются гораздо реже (32). Геномные острова клубеньковых бактерий способны существенно влиять на функциональную активность генов, расположенных на хромосоме и/или на плазмидах и могут участвовать в горизонтальном переносе генов в экосистемах (32)(33)(34).…”

unclassified

“…Однако в случае последних гены, имеющие отношение к симбиотической активности или к фитнесу ризобий, чаще единичны и встречаются гораздо реже (32). Геномные острова клубеньковых бактерий способны существенно влиять на функциональную активность генов, расположенных на хромосоме и/или на плазмидах и могут участвовать в горизонтальном переносе генов в экосистемах (32)(33)(34). Поэтому оценка наличия в геномах высокоэффективных штаммов клубеньковых бактерий геномных островов крайне важна и имеет непосредственное отношение к направленному получению генетически стабильных штаммов, используемых для биопрепаратов.…”

unclassified

Root Nodule Bacteria: Perspectives of Monitoring Symbiotic Properties by Applying Genetic Markers

Roumiantseva¹

2019

S-h. biol.

View full text Add to dashboard Cite

Люцерна и соя -широко возделываемые хозяйственно ценные кормовые и зернобобовые культуры, урожайность которых напрямую зависит от бактериальных микросимбионтов. Обработка семян бобовых растений штаммами клубеньковых бактерий (ризобии) способствует повышению продуктивности растительно-микробной системы как в типовых, так и в неблагоприятных условиях выращивания, например на деградированных почвах (подвергнуты засолению, заболачиванию, засушливости и т.д.). Именно поэтому получение новых штаммов, способных формировать высокопродуктивные и стрессоустойчивые симбиотические системы с бобовыми растениями, крайне востребовано в сельском хозяйстве. Современные технологии получения высокопродуктивных и экологически дифференцированных сортов бобовых культур предполагают использование биогеоценотического подхода на основе учета симбиотрофных показателей (З.Ш. Шамсутдинов, 2014). Формирование высокопродуктивных растительно-микробных систем основано на принципе дополнительности геномов макро-и микросимбионта (И.А. Тихонович с соавт., 2015), комплементарность взаимодействия которых обусловливает успешность их внедрения в агроценозы, различающиеся по агроклиматическим и почвенным условиям. К симбиотически значимым и генетически детерминируемым свойствам клубеньковых бактерий относят вирулентность, конкурентоспособность, специфичность и эффективность азотфиксирующей активности, которые ризобии проявляют по отношению к определенному виду, а подчас и сорту бобового растения-хозяина. Все вышеперечисленные симбиотически значимые характеристики детерминируются многочисленными группами генов ризобий. В обзоре представлен анализ сведений о генах микросимбионтов сои и люцерны, для которых экспериментально доказано участие в контроле симбиотической активности и стрессоустойчивости. Клубеньковые бактерии видов Sinorhizobium meliloti, S. fredii и Bradyrhizobium japonicum -это наиболее изученные, но контрастно различающиеся по генетическим и морфофизиологическим характеристикам бактерии. Сопоставление современных публикаций по основным группам симбиотически значимых генов (nod гены, участвующие в синтезе и декорировании сигнальной молекулы Nod-фактора, которая обусловливает инициацию клубенькообразования при растительно-микробном взаимодействии; группы nif, fix и eff генов, ответственных за процесс азотфиксации и за симбиотическую эффективность) показывает, что эти исследования как для быстро-, так и для медленнорастущих видов ризобий все еще разобщены, а полученные результаты фрагментарны. Вместе с тем, согласно опубликованным данным, аллельный полиморфизм по указанным генам играет важную роль в вариации сигналинга, хозяйской специфичности и симбиотической эффективности клубеньковых бактерий. Сделано заключение, что сопряженный анализ последовательностей генов интереса из функционально различных групп генов, вовлеченных в формирование высокоэффективных стрессоустойчивых симбиозов,sym (symbiotic; симбиоз), srg (stress related genes; гены устойчивости к стрессовым факторам) и QS (quorum sensing genes; гены кворум сенсинга), или sym-srg-QS ге...

show abstract

A COMPARATIVE ANALYSIS OF GENOMIC CHARACTERS OF REFERENCE Sinorhizobium meliloti STRAINS, THE ALFALFA SYMBIONTS (review)

Roumiantseva¹,

Muntyan²,

Cherkasova³

et al. 2017

S-h. biol.

View full text Add to dashboard Cite

the primary center of the diversity of their host plants whereas those sequences are lost under an abiotic stress (salinity) impact. In addition, strains harboring different chromosome types, according to structural differences in the intergenic sequence of rrn-rrl operons, can be referred to divergent clonal lineages. According to the discussed data, it was suggested to consider strain 425a and its derivatives as the model S. meliloti strains to create a system for genetic monitoring of practically valuable strains in agrocenoses.

show abstract

Встречаемость островов в геномах природных штаммовSinorhizobium meliloti

Cited by 3 publications

References 0 publications

Sinorhizobium meliloti: chromosomal types and genomic islands

Sinorhizobium meliloti: chromosomal types and genomic islands

Root Nodule Bacteria: Perspectives of Monitoring Symbiotic Properties by Applying Genetic Markers

A COMPARATIVE ANALYSIS OF GENOMIC CHARACTERS OF REFERENCE Sinorhizobium meliloti STRAINS, THE ALFALFA SYMBIONTS (review)

Contact Info

Product

Resources

About