Докінг-Аналіз Взаємодії Пропоксазепаму З Діазепамовим Та Ібупрофеновим Місцями Зв’язування Людського Сироваткового Альбуміну

Abstract

Мета дослідження – вивчення взаємодій пропоксазепаму та деяких похідних 1,4-бенздіазепіну з людським сироватковим альбуміном методом молекулярного докінгу та аналіз складових цих взаємодій.Молекулярний докінг було проведено за допомогою програми iGEMDOCK v2.1, структури альбуміну (з діазепамом (2BXF) та ібупрофеном (2BXG)) отримані з бази даних біологічних макромолекул (http://www.rcsb.org/). Структури лігандів (діазепам, оксазепам, пропоксазепам, 3-гідроксипропоксазепам, ібупрофен) оптимізовано за величиною внутрішньої енергії в програмі Avogadro (v 1.2.0) і наведено у форматі *.pdb. Візуалізацію результатів докінгу виконано з використанням ресурсу ezCADD.Сполуки демонструють перехресну спорідненість до сайтів зв’язування, але більш схильні до взаємодії з бенздіазепіновим місцем зв’язування, при цьому енергія зв’язування пропоксазепаму (– 10,27 ккал/моль) є найбільшою серед досліджуваних структур і навіть перевищує цей показник для діазепаму. Розраховані в процесі молекулярного докінгу характеристики зв’язування відповідають реальним, але з частковим завищенням даних для діазепамового сайту.За результатами молекулярно докінгу до діазепамового та ібупрофенового сайтів зв’язування людського сироваткового альбуміну з референтними сполуками – діазепамом та ібупрофеном – було встановлено, що сполуки демонструють перехресну спорідненість до сайтів зв’язування, хоча діазепам демонструє більше значення енергії взаємодії (– 9,38 ккал/моль) з власним сайтом, ніж з ібупрофеновим (– 7,32 ккал/моль).Енергія зв’язування з діазепамовим сайтом для пропоксазепаму (– 10,27 ккал/моль) є найбільшою серед досліджуваних структур і навіть перевищує цей показник для діазепаму, а його положення відрізняється утворенням зв’язків з атомом брому (положення «7») на відміну від діазепаму, який взаємодіє через кисень карбонільної групи гетерокільця. В ібупрофеновому місці зв’язування пропоксазепам явно взаємодіє з іншім сайтом, але зі спільними амінокислотними залишками.