Применение Микрочипов Для Идентификации Происхождения Генов Вирусов Гриппа Диких Птиц

Abstract

В черте города Москвы из фекалий диких водоплавающих птиц изолировали 42 штамма вируса гриппа птиц и проанализировали их на микрочипах «Биогрипп», которые содержат 176 зондов к различным участкам генома вирусов гриппа. Микрочип позволяет определять: 1) субтип поверхностных белков гемагглютинина и нейраминидазы; 2) структуру С-концевой последовательности вирусного белка NS1, влияющую на степень ингибирования транскрипции клеточных хозяйских генов, в том числе ответственных за синтез интерферона; 3) наличие стоп-кодонов и мутацию N66S в рамке считывания вирусного белка PB1-F2, 4) наличие полиосновного сайта протеолитического расщепления гемагглютинина. Среди изолятов от диких птиц идентифицированы вирусы гриппа субтипов H3N1, H3N6, H3N8, H4N6, H1N1, H5N3 и H11N9. Все они содержали последовательность ESEV на С-конце белка NS1, полноразмерную рамку считывания для белка PB1-F2. Замена N66S в PB1-F2 обнаружена у шести штаммов. Однако такие маркеры патогенности, как последовательность ESEV (лиганд PDZ-домена) в вирусном белке NS1 и замена N66S PB1-F2 в контексте генома вирусов гриппа диких уток, не делали вирус патогенным для мышей. Все изоляты были высокоурожайны в куриных эмбрионах, инфекционны и иммуногенны для мышей, но не вызывали у этих животных клинических симптомов заболевания.

Analytical evaluation of the microarray-based FluChip-8G Influenza A+B Assay

“…These assays typically rely on a single amplified target as an indicator of the presence of a pathogen. While numerous microarray-based assays utilizing multiple probes per target for the detection of human and animal-origin influenza have appeared (Mukherjee and Chakrabarti, 2012;Heydarov et al, 2017;Paulin et al, 2014;Shi et al, 2014;Ryabinin et al, 2011;Gall et al, 2009;Li et al, 2009), none are broadly commercially available. Next generation sequencing of influenza viruses provides the ability for complete characterization and is now routine in the three National Influenza Surveillance Reference Centers and at the CDC.…”