Los arrecifes de coral han sufrido una extensa degradación en las últimas décadas como resultado de perturbaciones antropogénicas y naturales. Este estudio presenta una caracterización histórica (1989-2015) de los cambios en la omposición del sustrato en formaciones coralinas en el archipiélago de San Bernardo. Adicionalmente, en el 2015 se evaluó la salud arrecifal (presencia de signos de deterioro) y se analizaron datos satelitales de temperatura. En general, la cobertura de coral mostró una tendencia estable entre 1989 y 2010. En 2013 y 2015 se registraron diferencias en el ensamblaje coralino las cuales pueden estar asociadas al incremento en la cobertura de las especies de los géneros Orbicella, Porites, Agaricia, Siderastrea y del hidrocoral Millepora complanata. Las menores coberturas observadas en 1989, 1991 y 2005 estuvieron posiblemente relacionados con eventos de mortalidades masivas de especies arrecifales por enfermedades y blanqueamiento. Se registró un comportamiento opuesto entre el sustrato abiótico y las algas, siendo este último grupo el componente dominante del sustrato desde el 2013. Espacialmente se presentaron diferentes tendencias. Las estaciones en Ceycen, Tintipán y Mangle presentaron mejores condiciones de desarrollo coralino en el tiempo, mientras que las estaciones en Cabruna y Palma, lugares más cercanos a los centros urbanos, presentaron indicios de tendencia hacia el deterioro. Adicionalmente, a partir de junio del 2015 se registraron valores de temperatura por encima del umbral de tolerancia al blanqueamiento (29,4 °C), por lo que posiblemente los corales enfrentaron un estrés térmico que causó blanqueamiento en 18 de las 19 estaciones evaluadas. Son esenciales las acciones de gestión sobre los impactos locales, acompañados de la información suministrada por los programas de monitoreo, para que los arrecifes puedan recuperarse de los impactos naturales y antropogénicos que los afectan.