RESUMOO objetivo deste artigo foi identificar as principais dificuldades e oportunidades vivenciadas pelas empresas baianas contempladas nos editais de Subvenção Econômica da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia (FAPESB) no período de 2008 a 2010. Para o alcance dos objetivos, foram entrevistados os responsáveis pelas empresas contempladas nos editais 001/2008, 017/2008, 008/2010 e 023/2010, além de ter sido feita a análise dos referidos editais. As principais dificuldades relatadas pelas empresas entrevistadas foram o excesso de burocracia, a exigência de contrapartida e os atrasos no cumprimento dos prazos da FAPESB, sobretudo do repasse dos recursos. As oportunidades apontadas foram o desenvolvimento de novos projetos de pesquisa, o aumento do potencial competitivo, a abrangência de novos mercados e o fortalecimento das suas marcas. A principal ameaça identificada foi a possibilidade de inadequação dos editais à realidade particular apresentada pelas Micro e Pequenas Empresas (MPEs) baianas. Espera-se que o presente artigo possa fornecer subsídios e contribuir para elaboração e fortalecimento de políticas públicas que visem ao desenvolvimento das MPEs, principalmente no alcance de fomento público à inovação. Palavras-chave:Gestão da Inovação. Subvenção econômica. Micro e Pequena Empresa.