Bahan organik adalah kumpulan senyawa - senyawa organik kompleks yang telah mengalami proses dekomposisi oleh organisme pengurai, baik berupa humus hasil humifikasi maupun senyawa-senyawa anorganik hasil mineralisasi. Bahan organik merupakan sumber nutrient yang penting, yang sangat dibutuhkan oleh organisme laut. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis parameter kandungan bahan organik meliputi BOD5 (Biochemical Oxygen Demand), COD (Chemical Oxygen Demand), TSS (Total Suspended Solid), TDS (Total Suspended Solid) dan TOM (Total Organic Matter) dan menentukan tingkat pencemaran bahan organik berdasarkan baku mutu pada beberapa muara sungai di kawasan ekosistem mangrove, di wilayah pesisir pantai Utara Kota Semarang. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan April 2015. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode deskriptif, sedangkan penentuan lokasi penelitian menggunakan metode purposive sampling method dan untuk pengambilan sampel air menggunakan metode sample survey method. Hasil penelitian menunjukan bahwa kandungan parameter bahan organik selama penelitian di semua lokasi adalah BOD (3,77 – 15,13 mg/L), COD (20,33 – 140,67 mg/L), TSS (1,33 – 13,67 mg/L), TDS (818,33 – > 2.000 mg/L) dan TOM (10,73 – 50 mg/L). Secara umum kandungan COD dan TSS di Maron dan Trimulyo sudah melewati ambang batas baku mutu menurut Keputusan Menteri Negara Kependudukan dan Lingkungan Hidup Nomor 2 Tahun 1988 tentang Baku Mutu Air Limbah, sedangkan untuk kandungan BOD, TSS dan TOM belum melampaui ambang batas baku mutu yang telah ditetapkan oleh Keputusan Menteri Negara Lingkungan Hidup Nomor 51 Tahun 2004.