Ikan Sidat merupakan komoditas hasil perikanan penting dengan nilai ekonomis tinggi. DNA barcoding telah cukup banyak digunakan sebagai metode berbasis penentuan urutan nukelotida untuk mendeteksi jenis spesies pada ikan. Proses pengolahan dengan suhu tinggi dapat menyulitkan proses identifikasi berbasis penentuan urutan nukelotida. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi spesies berbagai produk olahan ikan sidat menggunakan marka molekuler <em>mini-COI barcodes.</em> Pengolahan suhu tinggi yang digunakan pada penelitian ini adalah: panggang, penggorengan dalam minyak sayur, panggang, pengasapan panas dan pengolahan suhu sterilisasi. Seluruh sampel segar dapat teridentifikasi sebagai spesies <em>Anguilla bicolor bicolor</em> (99-100%) dan <em>Anguilla marmorata</em> (100%). Sampel olahan sidat berhasil diamplifikasi dengan marka <em>mini-COI barcodes</em>, sehingga dapat digunakan untuk aplikasi pengawasan label produk <em>seafood</em> secara rutin.