Tiger nut (Cyperus esculentus L.), or chufa, is a plant that is found in nature and is cultivated for its edible tubers. The purpose of this study was to determine the chemical composition, nutritive value, and in vitro digestibility of three tiger nut varieties using the in vitro gas production technique. These varieties were Sarışeker (yellow), Introduction 1, and Balyumru (brown). Rumen fluid was obtained from two cannulated Holstein animals. Time-dependent in vitro gas production was monitored at 3, 6, 9, 12, 24, 48, 72, and 96 hours of incubation. The varieties differed in dry matter (DM), crude ash (CA), ether extract (EE), neutral detergent fibre (NDF), and non-fibre carbohydrate (NFC) content (P <0.05). They also differed in the instantaneous volume of gas produced and in time-dependent gas production. Balyumru produced more gas at the onset of incubation than Introduction 1 and Sarışeker. However, over time, the gas produced by digestion of Introduction 1 exceeded the other two varieties. The amounts of gas produced at each time-point were intercorrelated. It is recommended that these results should lead to further evaluation in in vivo studies. Keywords: chemical composition, energy content, in vitro gas production

No abstract

SummaryIn this study, the recombinant plasmid pTE353-βG was created by inserting the p353-2 cryptic plasmid region of pLP3537 into pTEG5 recombinant plasmid contains pUC18 and β-1,3-glucanase gene of Cellulosimicrobium cellulans. The recombinant plasmid pTE353-βG was then introduced into Lactobacillus plantarum by electroporation. Insert analysis of pTE353-βG digested with SacI produced 1.9 kbp β-1,3-glucanase gene band on agarose gel as well as 1.9 kbp DNA encoding β-1,3-glucanase gene insert amplified on the recombinant vector via PCR indicated the integration of the gene into the plasmid. Recombinant L. plantarum colonies with pTE353-βG on MRS-laminarin-agar plate showed clear positive zones by Congo-red staining that revealed the expression of β-1,3-glucanase encoding gene. The β-1,3-glucanase enzyme of recombinant strain produced the same activity band with C. cellulans enzyme in terms of molecular weight, which showed the activity of secreted protein without any proteolytic degradation. Optimal temperature and pH values of L. plantarum β-1,3-glucanase have been determined 40ºC and 6.0 respectively, by enzymatic analysis. These results revealed that recombinant L. plantarum could be considered as a silage inoculant for aerobic spoilage of silage. Keywords: Cellulosimicrobium cellulans, β-1,3-Glucanase, Lactobacillus plantarum, Cloning, Gene expression, Recombinant silage inoculant Aerobik Stabilite için Yeni Silaj İnokülantı Oluşturmak Amacıyla Cellulosimicrobium cellulans β-1,3-Glukanaz GenininLactobacillus plantarum'da Klonlanması ve Ekspresyonu ÖzetBu çalışmada, rekombinant pTEG5 plazmit DNA'sına (pUC18 + Cellulosimicrobium cellulans'ın β-1,3-glukanaz geni) pLP3537 plazmitinin p353-2 kriptik plazmit bölgesinin aktarılması ile rekombinant pTE353-βG plazmit DNA'sı oluşturulmuştur. Rekombinant pTE353-βG plazmiti Lactobacillus plantarum'a elektroporasyon tekniği ile transfer edilmiştir. SacI enzimi ile kesilmiş pTE353-βG'nin agaroz jelde 1.9 kbç büyüklüğünde gen bandı üretmesinin yanı sıra, β-1,3-glukanaz genini şifreleyen 1.9 kbç büyüklüğündeki DNA parçasının PCR ile rekombinant vektörden amplifiye edilmesi genin plazmite entegrasyonunu göstermektedir. pTE353-βG içeren rekombinant L. plantarum kolonileri MRS-laminarin-agar plağında Congored boyaması ile β-1,3-glukanaz geninin eksprese olduğunu gösteren açık renkli pozitif zon vermişlerdir. Rekombinant suş tarafından üretilen enzim, C. cellulans enzimi ile aynı moleküler ağırlıkta aktivite bandı üretmiş ve böylece enzimin herhangi bir proteolitik parçalanmaya maruz kalmadığı anlaşılmıştır. Enzimatik analizler sonucunda L. plantarum tarafından üretilen β-1,3-glukanaz enziminin optimum sıcaklık ve pH değerleri sırasıyla 40°C ve 6.0 olarak bulunmuştur. Bu sonuçlar, rekombinant L. plantarum'un silajın aerobik bozulmasını önlemek için inokülant olarak düşünülebileceğini ortaya çıkarmıştır.

Biyologların, DNA'nın üç boyutlu yapısından yola çıkarak hücre içindeki bilgilerin kromozomlar tarafından kuşaklar arası taşındığını keşfetmelerinin ardından gen projeleri üzerinde çalışmaları ve bunu yaparken bilişim teknolojilerinde kullanılan araçlardan yararlanmaları kaçınılmaz bir hal almıştır. Biyoinformatik, biyolojik sistemlerden elde edilen verilerin analizinin yapılması ve değerlendirilmesi için biyoloji, tıp bilimleri, bilişim teknolojileri, matematik ve biyoistatistiğin birleşiminden doğan multidisiplinler bir bilim dalıdır. Biyolojik dizilerin analizi için geliştirilen biyoinformatik bilimi; günümüzde biyoloji, genomik çalışmalar ve gen ekspresyon çalışmaları, tanı ve tedavi ile tanısı konmuş hastalıklara ilişkin ilaçlar geliştirme ve benzeri alanlarda kullanılmakta olup bilişim teknolojileri ve biyoistatistik biliminden oldukça faydalanmaktadır. Bu çalışmanın konusu kapsamında, biyoinformatik biliminin ortaya çıkışı, diğer disiplinler ile ilişkisi, uygulama alanları ve bir bilim dalı olarak gelecekte ne anlam ifade edeceği ele alınarak bu sürece ilişkin bilgiler verilecektir.

No abstract