Abstrak: Obat anti-diabetes yang telah dipasarkan seperti Epalrestat, Ponalrestat, Pioglitazone dan Sitagliptin serta turunan zerumbon pada penelitian sebelumnya memiliki aktivitas anti diabetes, perlu diketahui bagaimana mekanisme interaksinya terhadap protein target aldosa reduktase (2HV5). Protein target aldosa reduktase dipreparasi menggunakan UCSF Chimera. Penelitian ini telah dilakukan dengan menggunakan ligan uji termasuk empat senyawa tersebut, yaitu ligan dataset (50 senyawa) dan decoys dari dude.docking.org, dan 25 senyawa turunan zerumbon. Semua ligan dilakukan docking molekular menggunakan Program PyRx dengan program Vina dan AutoDock (Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), Genetic Algorithm (GA) dan Monte Carlo Simulated Annealing (SA)). Hasil yang diperoleh berupa nilai binding affinity (kkal/mol) ligan terhadap protein. Program PyMOL dan PLIP (Protein Ligand Interaction Profiler) digunakan untuk memvisualisasikan konformasi 3D molekul dan interaksi ligan-protein. Perangkat keras yang digunakan komputer personal dengan spesifikasi prosesor Intel® Atom(™) CPUN2600 @ 1,60 GHz, RAM 2GB, Windows 7. Hasil docking didapatkan bahwa ZER (SA, -6,99 kkal/mol), ZER08 (vina, -10,9 kkal/mol) dan ZER11 (LGA, -11,26 kkal/mol dan GA, -11,17 kkal/mol) mempunyai nilai binding affinity lebih baik dibandingkan dengan keempat senyawa obat tetapi, nilai ini tidak lebih baik dibandingkan dengan ligan natif, dataset dan decoys. Hasil interaksi liganprotein yang terjadi melibatkan residu PHE-122 dan VAL-47, dan hal ini ditemukan sama untuk ketiga senyawa turunan zerumbon tersebut dengan ligan natif. Ketiga turunan zerumbon ini dapat dilanjutkan uji aktivitas in vitro di laboratorium. (SA, ZER8 (vina, PENDAHULUANDiabetes Melitus Tipe-2 adalah suatu penyakit gangguan metabolik yang di tandai dengan kenaikan gula darah akibat penurunan sekresi insulin oleh sel beta pankreas dan atau gangguan pada fungsi insulin (resistensi insulin). Hasil penelitian Kesehatan Dasar tahun 2008 menunjukkan angka kejadian penyakit Diabetes Melitus di Indonesia mencapai 57%, sedangkan kejadian di dunia, penyakit diabetes melitus tipe 2 adalah 95%. Faktor resiko dari Diabetes melitus tipe 2 yaitu usia, jenis kelamin, obesitas, hipertensi, genetik, makanan, merokok, alkohol, kurang aktivitas, dan lain sebagainya (Fatimah, 2015). Untuk pengobatan diabetes melitus tipe 2 dapat digunakan obat-obat yang mampu mempengaruhi protein aldosa reduktase. Struktur kristal protein dengan kode PDB 2HV5 merupakan suatu aldosa reduktase. Enzim aldosa reduktase adalah enzim yang terdapat di beberapa bagian tubuh dan berfungsi dalam metabolisme glukosa jalur poliol yang bertanggung jawab dalam pembentukan fruktosa dan glukosa. Peningkatan aktivitas aldosa reduktease dapat memicu peningkatan konsentrasi

Human Liver Glycogen Phosphorylase (HLGP), suatu katalis glikogen yang mengontrol pelepasan glukosa-1fosfat glikogen dari hati. Enzim ini mempunyai peran sentral dalam luaran glukosa hati sehingga menjadi target obat antidiabetik. Kajian docking dilakukan pada komputer dengan prosesor Intel Pentium, RAM 1 GB dan Windows 7. Ligan yang digunakan adalah senyawa obat (Z12501572, Z00321025, SCB5631028 dan SCB13970547), dataset pembanding aktif glycogen phosphorylase outer dimer site (PYGL-out) dan decoysdari www.dekois.com dan turunan zerumbon. Protein dipisahkan dari ligan nativ dan semua ligan beserta protein dikonversi menggunakan PyRx. Visualisasi interaksi ligan-protein dihasilkan dengan program Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP) dan PyMOL. Senyawa ZER11 memiliki binding energy terbaik, yaitu-7.11 kkal/mol (untuk metode LGA dan GA) dan-4.08 kkal/mol untuk metode SA. Nilai binding energy tersebut lebih rendah dari pada nilai untuk ligan native dan satu dari keempat senyawa obat, terlebih jika dibandingkan dengan bindingaffinity dari dataset dan decoys. Interaksi ligan-protein pada ketiga metode tersebut ditemukan sangat bervariasi. Hal berbeda terjadi untuk metode Vina, bindingenergy ZER11 (-9.9 kkal/mol) lebih baik dibandingkan dengan ligan native dan keempat senyawa obat. Senyawa ZER11 memiliki residu interaksi yang sama dengan ligan native pada TRP67 dan LYS191 untuk metode Vina.

Cancer treatments usually cause adverse drug reactions. Therefore, safe anticancer drugs are needed in the treatment of cancer. One source of medicine that can be explored is plant. Extracts of longan leaves (Dimocarpus longan), jamaican cherry leaves (Muntingia calabura), and avocado leaves (Persea americana) have been tested for cytotoxic activity against several cancer cell lines. This study aims to determine the cytotoxic activity of ethanolic extract of longan leaves, jamaican cherry leaves, and avocado leaves against T47D and WiDr cells and to identify secondary metabolites in the extracts which have the highest activity. Ethanolic extract of longan leaves, jamaican cherry leaves, and avocado leaves were tested for their cytotoxic activity using the 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide (MTT) method. Identification of secondary metabolites in the ethanolic extract of avocado leaves was carried out by thin layer chromatography method using silica gel GF254 as the stationary phase and a mixture of n-hexane and acetone (6:4) as the mobile phase. Cytotoxic test results show that ethanolic extract of longan leaves and cherry leaves with concentration of up to 1600 μg/mL do not reduce the T47D and WiDr living cells to 50%. Avocado leaf extract decreases the percentage of living T47D cells and WiDr with IC50 values of  790.679 µg/mL and 1072.2 µg/mL, respectively. The ethanolic extract of avocado leaves contains flavonoid, phenolic, and terpenoid. Ethanolic extract of longan leaves, cherry leaves and avocado leaves do not have cytotoxic activity against T47D and WiDr cells.

Program Autodock mampu memprediksi energi bebas dan konformasi ikatan antara fleksibel ligan dan makromolekul target yang telah diketahui. Senyawa turunan dan analog kurkumin adalah ligan yang telah banyak dihasilkan dan diuji aktivitasnya. Beberapa diantaranya memiliki khasiat yang lebih baik dari kurkumin. Enam senyawa turunan piperazindion, kurkumin, PGV-0, dan PGV-1 dihitung energi optimasi geometrinya menggunakan density functional theory (DFT) – Gaussian. Ligan hasil optimasi dicari energi ikatan ligan dengan reseptor 1TUB rantai b melalui docking menggunakan Vina dan Autodock dengan metode Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), traditional Genetic Algorithm (tGA), dan Simulated Annealing (SA) Monte Carlo. Data energi ikatan (affinitas) terbaik yang diperoleh dianalisis dengan Anova: Two-Factor Without Replication (P=0,01). Hasil docking dengan semua metode menunjukkan bahwa senyawa analog kurkumin turunan piperazindion mempunyai potensi ikatan lebih baik dibanding senyawa induknya Kata Kunci: 1TUB, Autodock, docking, kurkumin, piperazindionage:IN'Kata kunci: Citrus reticulata, antiproliferatif, DMBA, AgNOR, c-Myc. 

There is a strong correlation between 3D molecular docking result with dehydrosqualene synthase protein and antibacterial activity against Staphylococcus aureus (S. aureus) of the pyrazoline analogues. The enzyme has been known as important protein for the synthesis of staphyloxanthin in S. aureus. Diketopiperazine analogues have similar structure to pyrazoline. Glide-XP, Schrodinger application that seeks for molecular docking screening between ligand and protein target is designed for speed, efficiency, and accuracy to conduct discovery efforts. The research report the three-dimension molecular studies diketopiperazine analogues for their antibacterial activity on dehydrosqualene synthase of S. aureus using Glide-XP. Analogues compound of diketopiperazine and curcumin has been calculated their geometry optimization using Gaussian-Density Functional Theory method. These 3D-optimized ligands along with reference ligands obtained from bindingDB database, MIMICs fingerprint shape screening and the compound from previous research were performed on dehydrosqualene synthase (2ZCO) for their docking score. The lowest values docking score were analyzed with multiple linear regressions. The results suggest that the diketopiperazine framework is a prospective template for modification and optimization to accomplish better potency of antibacterial activity in laboratory testing. Keywords: diketopiperazine, Glide-XP, docking score, Staphylococcus aureus, multiple linear regression.